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1975年の[[ワシントン条約]]の発効時から、ワシントン条約附属書Iに掲載されている<ref name="species+" />。[[北太平洋]]では[[北米大陸]]側の個体群に関してはその後の捕鯨禁止が功を奏し、直近の絶滅の懸念が無くなる程に回復してきているが、後述の通り生息環境の悪化によって大量死が複数回発生している。また、東アジア沿岸の個体群は一時は[[絶滅]]したと判断される程に減少が著しく、現在の残存数はわずか100-150頭と危機的な状況にある<ref>水口博也, 2013年,﹃クジラ&イルカ生態ビジュアル図鑑﹄, 148頁, 株式会社誠文堂新光社</ref>。数値統計上、アジア系個体群は実質的に[[日本]]の捕鯨業によって壊滅した{{efn|[[朝鮮半島]]、[[大亜湾]]などの中国の大陸部の各地、[[台湾]]など様々な地区に[[日本]]の捕鯨基地を林立し、東アジアの沿岸の[[ザトウクジラ]]やアジア系の[[シロナガスクジラ]]や[[ナガスクジラ]]、[[セミクジラ]]など数多くの[[ヒゲクジラ類]]も[[日本]]由来の商業捕鯨によって大打撃を受けた<ref name=MM /><ref name=GrayJapan />。}}。沿岸の開発の影響も受けやすく、アジア系個体群にとっては[[樺太|サハリン]]北部で行われている[[ロシア]]の[[油田]]開発事業﹁[[サハリン2]]﹂による影響がとくに懸念されている。
 
保護活動の結果、北米大陸側の個体群は一時期は28,000頭前後まで回復したが、人間活動との軋轢によって死亡する個体だけでなく、人類の影響による環境破壊と[[環境収容力]]の低下から小型化したり<ref name=13Smaller />[[餓死]]する個体が増え、[[2023年]]もふくめて何度かの大量死が発生しており、これらの複数回の大量死によって14,000～16,000頭前後まで個体数が激減し、最大で'''50%以上'''が死亡したとされる<ref name=UME>{{Cite web |author=|year=2023|url=https://www.fisheries.noaa.gov/national/marine-life-distress/2019-2023-gray-whale-unusual-mortality-event-along-west-coast-and |title=2019-2023 Gray Whale Unusual Mortality Event along the West Coast and Alaska |work= |publisher=[[アメリカ海洋大気庁]] |doi= |accessdate=2023-11-02}}</ref>。この様な生息環境の悪化による[[北太平洋]]での大量死は[[ザトウクジラ]]にも発生しており、[[2013年]]から[[2021年]]にかけて北太平洋で7,000頭以上のザトウクジラが餓死したと推測されている<ref>{{Cite web|author=Ted Cheeseman et al. |date=2024-02-28|url=https://royalsocietypublishing.org/doi/10.1098/rsos.231462 |title=Bellwethers of change: population modelling of North Pacific humpback whales from 2002 through 2021 reveals shift from recovery to climate response |website=[[王立協会]] |access-date=2024-03-04}}</ref>。
 
本種が人類によって減少する以前の生息数には諸説あるが、[[遺伝子座]]などを利用した測定の結果、76,000頭から118,000頭という範囲で推定されており、いずれにしても現在の生息数︵14,000～16,000頭前後︶よりも遥かに多く生息していたことが示唆されている<ref>{{Cite journal|last1= Alter |first1= SE |date=May 2012 |title=Pre-Whaling Genetic Diversity and Population Ecology in Eastern Pacific Gray Whales: Insights from Ancient DNA and Stable Isotopes |journal= PLOS ONE |volume= 7 |issue= 5 |pages= e35039 |last2= Newsome |first2= SD |last3= Palumbi |first3= SR |author-link3= Stephen Palumbi |doi= 10.1371/journal.pone.0035039 |pmid= 22590499 |pmc=3348926|bibcode= 2012PLoSO...735039A |doi-access= free }}</ref>。また、[[環境収容力]]の推定ではさらに多くが生息していた可能性も指摘されており、生息環境のデータが得られた地域に限定しても[[北太平洋]]だけで最大で約173,000頭の生息が可能であり、データが得られなかった[[北太平洋]]の他の地域も合わせればこれ以上になった可能性がある。さらに、この推定には[[北大西洋]]の[[環境収容力]]の推定値は含まれていない<ref name=Pyenson />。
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[[File:Sakhalin-gray-whale-small.jpg|thumb|アジア系個体群の一頭と思われる個体（[[樺太|サハリン]]）。]]
[[File:Gray Whale, Aogashima, March 11, 2017 by Aurora Chihiro.jpg|thumb|2017年3月に[[青ヶ島]]で観察された個体。2018年の2月-3月にも同島で確認された{{efn|地上波の報道では、2018年の観察が青ヶ島における初の記録だと報じられた<ref>{{cite web |author= |date=2018-02-20 |url=https://web.archive.org/web/20180222090033/https://www3.nhk.or.jp/news/html/20180220/k10011335581000.html|title=希少な﹁コククジラ﹂ 東京 青ヶ島沖で撮影|website=[[NHKニュース]] |access-date=2023-11-02}}</ref>。}}。]]
アジア系の個体群︵ニシコククジラ︶は、[[日本列島]]における古式捕鯨の他にも、[[ユーラシア大陸]]における[[日本]]︵[[大日本帝国]]︶由来の商業捕鯨によって大量に捕獲されて壊滅したとされており{{efn|[[日本]]︵[[大日本帝国]]︶は現在の[[朝鮮半島]]、現在のや[[中国]]の各地、[[台湾]]に捕鯨基地を乱立した。中国や朝鮮半島や台湾では商業捕鯨は[[海南省]]など現在の中国の南部︵[[海南省]]と[[広東省]]︶をのぞき、日本︵大日本帝国︶が導入するまでほとんど行われてこなかった<ref>馮 子卓, 2022年, ﹃中華圏における鯨文化についてーなぜ中国では大規模な捕鯨が行われていなかったのかー﹄, [[東京海洋大学]]</ref><ref>謝 婧, 下園知弥, 宮崎克則, 2015年, ﹃明清時代の中国における鯨資源の利用﹄, 西南学院大学博物館研究紀要, 第3号, 9-14頁</ref><ref>李 善愛, 1999年, ﹃護る神から守られる神へ : 韓国とベトナムの鯨神信仰を中心に﹄, 195-212頁, [[国立民族学博物館]]調査報告, 第149巻</ref>。}}、その際に本種がもっとも捕獲されていたのは[[朝鮮半島]]だった<ref name=MM>{{Cite web|和書|author=環境庁自然保護局|date=1998-03|url=https://www.biodic.go.jp/reports2/5th/kaisei_h10/5_kaisei_h10.pdf |title=コククジラ|work=海域自然環境保全基礎調査 - 海棲動物調査報告書|pages=69-70|website=[[生物多様性センター]]︵[[環境省]]︶|access-date=2023-12-07}}</ref>。
 
[[朝鮮半島]]で日本の捕鯨業者によって捕獲された個体を測定した結果、胸ビレやヒゲ板、頭部のプロポーション等に北米系とは異なる特徴が見られたとされる。アジア系の個体数は、捕鯨以前の規模ですら北米系統よりは遥かに少なかったとする説が存在する<ref name=SC65bBRG12 /><ref name=GrayJapan>{{Cite journal|和書|author=中村玄 |author2=加藤秀弘 |date=2014 |url=https://doi.org/10.11238/mammalianscience.54.73 |title=日本沿岸域に近年︵1990-2005年︶出現したコククジラ''Eschrichtius robustus''の骨学的特徴，特に頭骨形状から見た北太平洋西部系群と東部系群交流の可能性 |journal=哺乳類科学 |ISSN=0385437X |publisher=[[日本哺乳類学会]] |volume=54 |issue=1 |pages=73-88 |doi=10.11238/mammalianscience.54.73 |CRID=1390282679700616576 |access-date=2023-08-25}}</ref><ref name=Yamaguchi>{{Cite web|和書|author=石川創, 渡邉俊輝|date=2014|url=https://web.archive.org/web/20150109080006/http://whalelab.org/ishikawa2014.pdf |title=山口県鯨類目録 |work=下関鯨類研究室報告 No.2|pages=1-14|website=|access-date=2023-12-07}}</ref>。その一方で、生息環境のデータなどから分析・推定された東アジア圏の[[環境収容力]]は、データが限定されていながらも、[[日本列島]]や[[樺太|サハリン]]の南半分、[[千島列島]]などだけでも66,000頭以上とされており、これだけでも判明している限りは[[北太平洋]]全体の環境収容力の4割に達しており、データが得られなかった他の地域も合わせればこれ以上の個体数の生息が可能だったとされている<ref name=Pyenson>Nicholas D. Pyenson, David R. Lindberg, 2011年07月06日, ''What Happened to Gray Whales during the Pleistocene? The Ecological Impact of Sea-Level Change on Benthic Feeding Areas in the North Pacific Ocean'', Marine Megafauna: Paleoecology Evolution and Systematics, [[PLOS ONE]]</ref>。
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