甲南高等学校 (旧制)時代の1923年創部、2013年に創部90周年を迎えた。現在は甲南大学体育会及び関西学生陸上競技連盟に所属する。チームカラーはワインレッド色。主な練習場所は甲南大学六甲アイランド体育施設内の競技場(全天候400m×6コース)。練習は男子部・女子部にわかれて行なわれている。女子部は近年全日本インカレにおいてリレー種目を中心に上位の成績を残している。
男子は昭和45年3月に行われた第1回全日本大学駅伝に出場し18位、翌年1月に行われた第2回同大会に出場し16位の成績を残した。関西学生対校駅伝競走大会においては昭和40年12月に行われた第27回大会の4位が最高順位。令和4年の同大会は記録審査を通過できず、本戦出場を逃した。
卒業生団体としては甲南学園陸上競技部秀峰会が存在する。秀峰会では会員(卒業生)の親睦を図ると共に、監督、コーチの部への派遣、学生への就職斡旋等の支援を行っている。