public static boolean start(RootDoc root) { //...というメソッドがあればいいみたいです。 このメソッドがDoclet実行のエントリーポイントになります。
javadoc -doclet hoge.MyDoclet -docletpath classes -classpath classes;%JAVA_HOME%\lib\tools.jar -sourcepath src -private aaa(実際は1行で記述) hoge.MyDocletドクレットを使ってaaa.MyClassをjavadocしています。 Docletクラスは -docletpathオプションでドクレットクラスパスに含める必要があります(クラスパスじゃダメ)。
C:\apps\eclipse\workspace\doclet01>javadoc -doclet hoge.MyDoclet -docletpath clsses -classpath classes;C:\apps\j2sdk1.4.0_01\lib\tools.jar -sourcepath src -private aaa パッケージ aaa のソースファイルを読み込んでいます... Javadoc 情報を構築しています... [MyClass] クラスだ @author:Muimin [aaa] フィールドだ [hoge] メソッドだ @hoge:p1 ほげぇ @return:かえり血 @param:p1 パラメタ何作るって明確な目標もないので、とりあえずこんなもん。
javadoc -d doc -taglet hoge.RoseIdTaglet -tagletpath classes -classpath classes;%JAVA_HOME%\lib\tools.jar -sourcepath src aaa