1945年6月の神戸。大空襲の後、逃げまどう人々の中に14歳の清太（吉武怜朗）とその背中でおびえている4歳の妹節子（畠山彩奈）がいた。彼らの家は焼け落ち、やっとの思いで二人は国民学校にたどり着く。教室の中には重傷の人達が寝かされ、その中に兄妹の母・雪子（松田聖子）もいた。清太は雪子を病院へ連れて行こうとリヤカーを調達するが、その苦労も無駄に終わる。町会長（長門裕之）は母親が亡くなったことを清太に告げた。清太は節子を連れて西宮の遠縁の家を訪ねる。半年前に夫を失ったばかりの未亡人（松坂慶子）は最初、二人を追い返そうとするが、兄妹の荷物の中にある大量の缶詰などの食料に気付き態度を変える。近所には様々な人がいた。学生の高山道彦（山中聡）は、若い未亡人（池脇千鶴）と同棲し、周囲から白い目で見られている。近くの中学校の校長・本城雅夫（江藤潤）は何かと清太を気にかけ、剣道の稽古をつけたり、家に招待することもあった。しかし、日を追うごとに兄妹に対するおばの仕打ちはひどくなり、炊事も別々にするようになる。そんなある日、校長一家が心中、清太が淡い思いを寄せていた娘も帰らぬ人となった。兄妹は家を出て、池のほとりの横穴式防空壕で生活を始める。池の周りを飛ぶ蛍を捕まえては壕の中へ放して遊んでいたが、そんな生活も束の間、食料がなくなると清太は空家に忍び込み盗みを繰り返すのだった。ある日、清太は防火用水に高山の死体を発見する。どさくさに紛れて町会長（原田芳雄）らに虐殺されたのだ。節子は日々弱っていき、下着を汚すたびに清太が手で洗った。やがて、日本は敗戦の日を迎える。兄妹の父（高橋克明）は海軍大尉だったが生還の望みは薄かった。天皇による玉音放送の数日後、節子は静かに息をひきとる。清太は池のほとりの蛍たちの墓の隣に小さな墓を作り、節子を埋めた。そして、清太はどこへ行くあてもないまま歩き続けるのだった。