東洋文庫では、フランス極東学院、台湾の中央研究院︵歴史語言研究所・近代史研究所︶、アメリカのハーバード・エンチン研究所、エジプトのアレキサンドリア図書館、イラン議会図書館、ロンドン大学SOAS図書館、オックスフォード大学St. Anne College、ベトナム社会科学院漢喃研究所、ドイツのマックス・プランク研究所、カザフスタンの国際テュルク・アカデミー、吉林師範大学満学研究院との学術交流を進め、資料情報の交換と研究者の相互訪問を継続的に実施しています。
なかでもハーバード大学アジア研究図書資料館であるハーバード・エンチン研究所とは、2010年10月に交流協定を結び、資料交流・人材交流のみに止まらず、共同研究ならびにそれらを通した若手研究者の育成に共同で取り組んでいます。
世界各地のアジア基礎資料研究に取り組む外国人研究者と協力して、対面、あるいはオンライン形式によって、国際シンポジウム・ワークショップ・研究会等を通じた国際学術交流を推進しています。