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1948年5月25日、CDマラガはジュニアクラブのCDサント・トマスを引き継ぐ形でリザーブチームを立ち上げた。CDマラガは1933年にCAマラゲーニョ︵Club Atlético Malagueño︶を含むマラガの2つのクラブが合併して結成されているが、リザーブチームはこの際に消滅したCAマラゲーニョという名称を譲り受けた。1959-60シーズン、リザーブチームのCAマラゲーニョとトップチームのCDマラガはともにテルセーラ・ディビシオン︵当時3部相当︶に在籍することになったが、前者は本来ならばリーグ規定により降格するはずであった。これを回避するために、彼らは母体となるクラブから分割され、リザーブチームではなく独立したひとつのクラブとしてスペインサッカー連盟︵RSFF︶に登録された。
1992年、CDマラガは財政難により解散し、リザーブチームのCAマラゲーニョがCDマラガのリーグ参戦資格を譲り受けて存続した。1992-93シーズンの彼らはテルセーラ・ディビシオン︵現4部相当︶のグループ9に参戦して成功を収め、セグンダ・ディビシオンB︵3部相当︶昇格を果たした。しかし、翌シーズンには再びテルセーラに降格となり、さらに財政難に直面して活動停止の危機に追い込まれた。1993年12月19日、クラブのメンバー間の投票によってクラブ名称の変更が選択された。1994年6月29日、CAマラゲーニョはマラガCF︵Málaga Club de Fútbol S.A.D.︶に改名し、かつてCDマラガと呼ばれていたクラブが公式に前身クラブとなった。また、1990年にCAマラゲーニョのリザーブチームとしてSDマラシターナ︵Sociedad Deportiva Malacitana︶が設立され、トップチームのマラガCFへの改名と同時にマラガCF Bとなった。なお、2009年からはトップチームの旧称であるCAマラゲーニョを名乗っている。
2004年夏にはファンデ・ラモス監督が就任からわずか1シーズンでセビージャFCに去り、グレゴリオ・マンサーノ監督が就任した。経営難によって主力のホセミやサルバを放出せざるを得ず、新戦力のマルシオ・アモローゾやパウロ・ワンチョペは使い物にならなかった。10節からの9試合で8敗を喫して降格圏に沈んでいたクラブを救ったのはアントニオ・タピア監督だった。マンサーノ監督からチームを引き継ぐとカンテラ︵下部組織︶からセサル・ナバスを引き上げ、最終ラインに安定感をもたらした。若手のフアン・ロドリゲスや新戦力のフェルナンド・バイアーノらの攻撃陣を積極的に起用し、最終的に10位に食い込んでみせた。2005年夏にはサルバを買い戻し、ウルグアイ代表のリカルド・モラレスを獲得したが、主力の大量放出の穴は埋まらなかった。2005-06シーズンは開幕から黒星を積み重ね、わずか勝ち点24しか挙げられずに最下位でシーズンを終えてセグンダ降格となった。また、セグンダに所属していたBチームも同シーズンは21位に終わり、トップチームの降格とは無関係にセグンダBに降格となった。Bチームは翌シーズンもさらに降格で元のテルセーラに戻ってしまい、その後も度々昇格プレーオフに顔を出しながらいまだ再昇格には至っていない。
2006年、かつてレアル・マドリードの会長を務めたロレンソ・サンスがクラブの株式の97%を取得し、かつて選手としてキャプテンを務めたロレンソの息子フェルナンド・サンスが会長に就任した。2006-07シーズンは良いスタートを切ったが、彼らの調子は劇的に落ち込んだ。ラスト6節のうち2節はセグンダB降格圏に沈んだが、この困難な状況を何とか打開し、セグンダ降格初年度を乗り切って残留を果たした。2007-08シーズンも7連勝するなどしてスタートダッシュを決め、昇格への軌道に乗っているように思われたが、やはり調子を崩し、首位の座をCDヌマンシアに奪われた。最終節はホームでのCDテネリフェ戦であり、プリメーラ昇格を決定づけるには勝利が必要であったが、アントニオ・イダルゴの2得点で2-1と勝利して2位の座を守り、3シーズンぶりのプリメーラ復帰を決めた。
2008年夏にはタピア監督を復帰させ、プリメーラ昇格に貢献したDFヘスス・ガメスやMFアポーニョを引き留めつつ、以前に所属経験のあるMFセルジオ・ドゥダ、FWアルベルト・ルケなどを獲得。2008-09シーズン開幕から4試合は無得点で1分3敗と苦戦したが、5節のバリャドリード戦で初勝利を挙げると、8節のアウェーでのセビージャ戦まで4連勝し、その後は安定して一桁順位をキープした。A・ルケは途中出場が多いながらも8得点と復活し、ドゥダはチームトップの8アシストを決めるなど、シーズン前に補強した選手が期待に応えた。プリメーラ初挑戦のアポーニョとFWナビル・バハはそれぞれ9得点を挙げ、55得点はリーグ6位の成績だった。最終的に8位でシーズンを終え、昇格組として最高の成績を残した。2009年にアンダルシア州のセビージャ、ウエルバ、ヘレス・デ・ラ・フロンテーラ、マラガを開催地として行われたピース・カップでは、アストン・ヴィラFC︵イングランド︶に勝利したが、アトランテFC︵メキシコ︶に敗れ、グループリーグ最下位に終わった。2009-10シーズンのリーグ戦は前シーズンと一転して17位と苦戦した。
クラブの不祥事発覚以降も財政難は解消されることなく、成績は低迷。2021-22シーズンはリーグ成績18位と辛うじて降格を免れるも、その翌年の2022-23シーズンはシーズン中に3度も監督を交代しつつ、最終的に20位でプリメーラ・ディビシオンRFEFに降格することとなった。マラガが3部リーグに降格するのは1997-98シーズン以来、26シーズンぶりのことであった[9]。
プリメーラフェデラシオンでの初年度はチームは3位に終わった。2-2引き分けで昇格達成 ジムナスティック・タラゴナ[10]。
2009年8月27日、イギリスのブックメーカーであるウィリアムヒルと3年契約を結んだと発表し、ウィリアムヒルがユニフォームの胸スポンサーとなった[11]。しかし、イスラーム教徒である新オーナーが宗教上の理由から契約を履行することを拒否したため、この契約は2010年9月17日に打ち切られ、2011年6月に国連教育科学文化機関(UNESCO)が新スポンサーとなった。
以下のクラブはマラガCFと提携関係にある。
- 1987-88
- 1951–52, 1966–67
- 1963, 1971, 1974
- 1998-99
- 1997-98
- 2005, 2008, 2010, 2011, 2012
- 2002
- 1987-88, 1998-99
- 1951–52, 1966–67
- 1997-98
- 1963, 1971, 1974, 2005, 2008, 2010, 2011, 2012
- 2002
- FCマラゲーニョとして
シーズン
|
ディビジョン
|
順位
|
コパ・デル・レイ
|
1929/30
|
テルセーラ
|
2位
|
|
1930/31
|
テルセーラ
|
2位
|
|
1931/32
|
テルセーラ
|
3位
|
|
1932/33
|
テルセーラ
|
1位
|
|
|
- CDマラシターノとして
シーズン
|
ディビジョン
|
順位
|
コパ・デル・レイ
|
1933/34
|
テルセーラ
|
3位
|
|
1934/35
|
セグンダ
|
5位
|
5回戦敗退
|
1935/36
|
セグンダ
|
5位
|
3回戦敗退
|
1939/40
|
セグンダ
|
3位
|
1回戦敗退
|
1940/41
|
セグンダ
|
5位
|
3回戦敗退
|
|
- CDマラガとして
シーズン
|
ディビジョン
|
順位
|
コパ・デル・レイ
|
1941/42
|
セグンダ
|
4位
|
ベスト32
|
1942/43
|
セグンダ
|
5位
|
ベスト32
|
1943/44
|
テルセーラ
|
1位
|
|
1944/45
|
テルセーラ
|
2位
|
|
1945/46
|
テルセーラ
|
1位
|
|
1946/47
|
セグンダ
|
9位
|
ベスト16
|
1947/48
|
セグンダ
|
4位
|
6回戦敗退
|
1948/49
|
セグンダ
|
2位
|
5回戦敗退
|
1949/50
|
プリメーラ
|
12位
|
ベスト16
|
1950/51
|
プリメーラ
|
13位
|
|
1951/52
|
セグンダ
|
1位
|
準々決勝敗退
|
1952/53
|
プリメーラ
|
15位
|
|
1953/54
|
セグンダ
|
3位
|
|
1954/55
|
プリメーラ
|
16位
|
|
1955/56
|
セグンダ
|
11位
|
|
1956/57
|
セグンダ
|
5位
|
|
1957/58
|
セグンダ
|
14位
|
|
1958/59
|
セグンダ
|
15位
|
1回戦敗退
|
|
シーズン
|
ディビジョン
|
順位
|
コパ・デル・レイ
|
1959/60
|
テルセーラ
|
1位
|
|
1960/61
|
セグンダ
|
12位
|
1回戦敗退
|
1961/62
|
セグンダ
|
2位
|
ベスト16
|
1962/63
|
プリメーラ
|
16位
|
準々決勝敗退
|
1963/64
|
セグンダ
|
9位
|
ベスト32
|
1964/65
|
セグンダ
|
2位
|
1回戦敗退
|
1965/66
|
プリメーラ
|
13位
|
ベスト16
|
1966/67
|
セグンダ
|
1位
|
ベスト32
|
1967/68
|
プリメーラ
|
10位
|
ベスト16
|
1968/69
|
プリメーラ
|
14位
|
準々決勝敗退
|
1969/70
|
セグンダ
|
2位
|
ベスト32
|
1970/71
|
プリメーラ
|
9位
|
準々決勝敗退
|
1971/72
|
プリメーラ
|
7位
|
5回戦敗退
|
1972/73
|
プリメーラ
|
10位
|
準決勝敗退
|
1973/74
|
プリメーラ
|
7位
|
5回戦敗退
|
1974/75
|
プリメーラ
|
16位
|
ベスト16
|
1975/76
|
セグンダ
|
3位
|
ベスト16
|
1976/77
|
プリメーラ
|
18位
|
3回戦敗退
|
|
シーズン
|
ディビジョン
|
順位
|
コパ・デル・レイ
|
1977/78
|
セグンダ
|
13位
|
3回戦敗退
|
1978/79
|
セグンダ
|
2位
|
4回戦敗退
|
1979/80
|
プリメーラ
|
18位
|
4回戦敗退
|
1980/81
|
セグンダ
|
6位
|
2回戦敗退
|
1981/82
|
セグンダ
|
3位
|
ベスト16
|
1982/83
|
プリメーラ
|
10位
|
4回戦敗退
|
1983/84
|
プリメーラ
|
9位
|
4回戦敗退
|
1984/85
|
プリメーラ
|
16位
|
3回戦敗退
|
1985/86
|
セグンダ
|
11位
|
4回戦敗退
|
1986/87
|
セグンダ
|
6位
|
3回戦敗退
|
1987/88
|
セグンダ
|
1位
|
4回戦敗退
|
1988/89
|
プリメーラ
|
16位
|
ベスト32
|
1989/90
|
プリメーラ
|
17位
|
ベスト16
|
1990/91
|
セグンダ
|
4位
|
5回戦敗退
|
1991/92
|
セグンダ
|
18位
|
5回戦敗退
|
|
- (CDマラガのリザーブチームとしての)CAマラゲーニョ
シーズン
|
ディビジョン
|
順位
|
コパ・デル・レイ
|
1948/49
|
地域リーグ
|
—
|
|
1949/50
|
地域リーグ
|
—
|
|
1950/51
|
テルセーラ
|
12位
|
|
1951/52
|
テルセーラ
|
14位
|
|
1952/53
|
テルセーラ
|
16位
|
|
1953/54
|
テルセーラ
|
15位
|
|
1954/55
|
テルセーラ
|
7位
|
|
1955/56
|
テルセーラ
|
11位
|
|
1956/57
|
テルセーラ
|
12位
|
|
1957/58
|
テルセーラ
|
7位
|
|
1958/59
|
テルセーラ
|
5位
|
|
1959/60
|
テルセーラ
|
6位
|
|
1960/61
|
テルセーラ
|
7位
|
|
1961/62
|
テルセーラ
|
4位
|
|
1962/63
|
テルセーラ
|
2位
|
|
1963/64
|
テルセーラ
|
1位
|
|
1964/65
|
テルセーラ
|
4位
|
|
1965/66
|
テルセーラ
|
4位
|
|
1966/67
|
テルセーラ
|
5位
|
|
|
シーズン
|
ディビジョン
|
順位
|
コパ・デル・レイ
|
1967/68
|
テルセーラ
|
8位
|
|
1968/69
|
テルセーラ
|
12位
|
|
1969/70
|
地域リーグ
|
—
|
|
1970/71
|
テルセーラ
|
13位
|
1回戦敗退
|
1971/72
|
テルセーラ
|
11位
|
3回戦敗退
|
1972/73
|
テルセーラ
|
19位
|
1回戦敗退
|
1973/74
|
地域リーグ
|
—
|
|
1974/75
|
地域リーグ
|
—
|
|
1975/76
|
地域リーグ
|
—
|
|
1976/77
|
地域リーグ
|
—
|
|
1977/78
|
テルセーラ
|
14位
|
|
1978/79
|
テルセーラ
|
12位
|
1回戦敗退
|
1979/80
|
テルセーラ
|
11位
|
2回戦敗退
|
1980/81
|
テルセーラ
|
15位
|
|
1981/82
|
テルセーラ
|
4位
|
|
1982/83
|
テルセーラ
|
12位
|
1回戦敗退
|
1983/84
|
テルセーラ
|
6位
|
|
1984/85
|
テルセーラ
|
4位
|
1回戦敗退
|
1985/86
|
テルセーラ
|
5位
|
1回戦敗退
|
|
シーズン
|
ディビジョン
|
順位
|
コパ・デル・レイ
|
1986/87
|
テルセーラ
|
9位
|
2回戦敗退
|
1987/88
|
テルセーラ
|
2位
|
|
1988/89
|
テルセーラ
|
3位
|
|
1989/90
|
テルセーラ
|
5位
|
|
1990/91
|
テルセーラ
|
6位
|
|
1991/92
|
テルセーラ
|
4位
|
|
|
- (独立したクラブとしての)CAマラゲーニョ
シーズン
|
ディビジョン
|
順位
|
コパ・デル・レイ
|
1992/93
|
テルセーラ
|
1位
|
1回戦敗退
|
1993/94
|
セグンダB
|
18位
|
1回戦敗退
|
|
- マラガCFとして
シーズン
|
ディビジョン
|
順位
|
コパ・デル・レイ
|
1994/95
|
テルセーラ
|
1位
|
1回戦敗退
|
1995/96
|
セグンダB
|
5位
|
1回戦敗退
|
1996/97
|
セグンダB
|
5位
|
2回戦敗退
|
1997/98
|
セグンダB
|
1位
|
|
1998/99
|
セグンダ
|
1位
|
3回戦敗退
|
1999/00
|
プリメーラ
|
12位
|
2回戦敗退
|
2000/01
|
プリメーラ
|
8位
|
2回戦敗退
|
2001/02
|
プリメーラ
|
10位
|
ベスト32
|
2002/03
|
プリメーラ
|
13位
|
ベスト32
|
2003/04
|
プリメーラ
|
10位
|
ベスト16
|
2004/05
|
プリメーラ
|
10位
|
ベスト32
|
2005/06
|
プリメーラ
|
20位
|
3回戦敗退
|
2006/07
|
セグンダ
|
15位
|
ベスト16
|
2007/08
|
セグンダ
|
2位
|
ベスト32
|
2008/09
|
プリメーラ
|
8位
|
ベスト32
|
2009/10
|
プリメーラ
|
17位
|
ベスト16
|
2010/11
|
プリメーラ
|
11位
|
ベスト16
|
2011/12
|
プリメーラ
|
4位
|
ベスト16
|
2012/13
|
プリメーラ
|
6位
|
準々決勝敗退
|
|
シーズン
|
ディビジョン
|
順位
|
コパ・デル・レイ
|
2013/14
|
プリメーラ
|
11位
|
ベスト32
|
2014/15
|
プリメーラ
|
9位
|
準々決勝敗退
|
2015/16
|
プリメーラ
|
8位
|
ベスト32
|
2016/17
|
プリメーラ
|
11位
|
ベスト32
|
2017/18
|
プリメーラ
|
20位
|
ベスト32
|
2018/19
|
セグンダ
|
3位
|
2回戦敗退
|
2019/20
|
セグンダ
|
14位
|
1回戦敗退
|
2020/21
|
セグンダ
|
12位
|
ベスト32
|
2021/22
|
セグンダ
|
18位
|
2回戦敗退
|
2022/23
|
セグンダ
|
20位
|
2回戦敗退
|
2023/24
|
プリメーラRFEF
|
|
|
|
- CDマラガとして
- 20シーズン - プリメーラ・ディビシオン(1部)
- 31シーズン - セグンダ・ディビシオン(2部)
- 9シーズン - テルセーラ・ディビシオン(当時3部相当)
- マラガCFとして
- 17シーズン - プリメーラ・ディビシオン(1部)
- 7シーズン - セグンダ・ディビシオン(2部)
- 1シーズン - プリメーラ・ディビシオンRFEF (現3部相当)
- 4シーズン - セグンダ・ディビシオンB(旧3部相当)
- 2シーズン - テルセーラ・ディビシオン(当時3部相当、旧4部)
- 合計
- 37シーズン - プリメーラ・ディビシオン(1部)
- 38シーズン - セグンダ・ディビシオン(2部)
- 1シーズン - プリメーラ・ディビシオンRFEF (現3部相当)
- 4シーズン - セグンダ・ディビシオンB(旧3部相当)
- 11シーズン - テルセーラ・ディビシオン(当時3部相当)
- 2022年3月31日現在[15]
注:選手の国籍表記はFIFAの定めた代表資格ルールに基づく。
※括弧内の国旗はその他保有国籍、もしくは市民権、星印はEU圏外選手を示す。
- 監督
注:選手の国籍表記はFIFAの定めた代表資格ルールに基づく。
- in
注:選手の国籍表記はFIFAの定めた代表資格ルールに基づく。
- out
注:選手の国籍表記はFIFAの定めた代表資格ルールに基づく。