CでRの拡張したら速すぎて(40〜50倍)吹いたwww - yasuhisa's blog
昨日Gibbs Sampler Algorithmをやってみたわけだが、Rの中でfor文を書いていて必要となるサンプル数が多くなると非常につらくなってくることは目に見えている。しかも、MCMCでは初期値依存となる期間のサンプルを捨てないといけない。そういうわけでじゃんじゃんサンプルを作っても大丈夫なような速度が必要。Rで速度を上げようと思ったらapplyファミリーを使うとかベクトル単位での処理をするetcが常套手段*1。が、今回は本質的にfor文が必要なケースである。 で、困るわけだがRにはC、C++、fortranを使って拡張する機能がある。詳しくはこの辺に載っている。そういうわけでCのポインタもアドレスも理解していないid:syou6162がRが好きすぎたためにCを書いてみたという感じの内容。 #include <R.h> #include <Rinternals.h> SEXP r
