Brongniart étudie les relations entre des espèces de plantesdisparuesetactuelles, ce qui lui vaut le surnom de « père de la paléobotanique », au même titre que Georges Cuvier est considéré comme le fondateur de la paléontologie animale. En 1826, il publie un mémoire sur le développement de l'embryon végétal qui lui vaut, l'année suivante, le grand prix de physiologie expérimentale de l'Académie des sciences[1].
En 1833, il obtient la chaire de botanique au muséum au sein du Musée national d'histoire naturelle de Paris. En 1857, cette chaire est transformée en chaire de botanique et physiologie végétale, puis en 1874, en chaire de botanique, organographie et physiologie végétale. Adolphe Brongniart y sera remplacé, à sa mort, par Philippe Van Tieghem (1839-1914). En 1834, il est élu membre de l'Académie des sciences où il succède à René Desfontaines.[réf. nécessaire]
La collection de plantes fossiles qu'il avait rassemblée avec l'aide de son père Alexandre Brongniart et de nombreux correspondants, devenant considérable, il l'offre au Muséum en 1836 ainsi que son important herbier.[réf. nécessaire]
L'école de botanique du Muséum étant agrandie au début des années 1840, il doit renouveler pendant l'hiver 1842-1843 les plantations du jardin botanique attenant[3], dont la dernière plantation date de 1824 par René Desfontaines. Depuis, de nombreux ouvrages généraux de botanique ont été publiés, proposant divers classements des plantes (Candolle[4], Bartling[5], Lindley[6], Endlicher[7]…)[8]. Après mûre réflexion, il décide de s'écarter de ces ouvrages sur quelques points à cause de la disparition de la division des dicotylédones apétales, les familles jusque là comprises dans cette division étant alors réparties parmi les polypétales ou les diapétales[3]. Il publie en 1843 une Énumération des plantes cultivées au Muséum d'Histoire naturelle de Paris suivant l'ordre établi dans l'école de botanique en 1843[9], dans lequel il présente un nouveau système de classification du règne végétal[10] :
1.2. Dialypétales (corolle à pétales libres, ou pas de corolle)
2. Gymnospermes (graines non incluse dans un fruit)
Il contribue aux tomes 3 (1843), 4 (1844) et 5 (1847-1848) de la deuxième série de l'Herbier général de l'amateur, dont une première série de 8 tomes (1816 à 1827) a été publiée par J.-Cl.-M. Mordant de Launay et continuée par J.-L.-Aug. Loiseleur-Deslongchamps. Loiseleur-Deslongchamps publie le premier tome d'une deuxième série (1839), le deuxième tome (1841) est par Charles Lemaire (1800-1871). Ad. Brongniart, Joseph Decaisne, Adrien de Jussieu, Achille Richard, Édouard Spach et d'autres, collaborent aux tomes 3 (1843), 4 (1844) et 5 (1847-1848) de cette deuxième série, qui sont rédigés par Lemaire[11].
En 1854, il est un des 15 membres fondateurs de la Société botanique de France, dont il devient le président en 1861. Durant le Second Empire, il est nommé inspecteur général de l'enseignement supérieur pour les sciences.[réf. nécessaire]
[1822] Sur la classification et la distribution des végétaux fossiles, Paris, impr. A. Belin, coll. « Mémoires du muséum d'histoire naturelle » (no VIII), , 6 pl. + 91, sur books.google.fr (OCLC15748749, lire en ligne).
Essai d'une classification naturelle des Champignons, 1825.
[1828] Prodrome d'une histoire des végétaux fossiles, Paris, F.G. Levrault, , 223 p..
[1828-1829] Voyage autour du monde exécuté par ordre du roi, sur la corvette de Sa Majesté, La Coquille, pendant les années 1822, 1823, 1824 et 1825, sous le ministère et conformément aux instructions de S.E.M. le Marquis de Clermont-Tonnerre .... et publié sous les auspices de son Excellence Mgr le Cte de Chabrol…, Par M. L.I. Duperrey… : Botanique par MM. D'Urville, second de l'expédition, Bory de St-Vincent et Ad. Brongniart, vol. Cryptogamie et Phanérogamie, Paris, Arthus Bertrand, 1828-1829, 301 + 232.
[1828-1837] Histoire des végétaux fossiles : Recherches botaniques et géologiques sur les végétaux renfermés dans les différentes couches du globe, Paris, G. Dufour et éd. d'Ocagne, 1828-1837 :
[1843] Énumération des plantes cultivées au Muséum d'Histoire naturelle de Paris suivant l'ordre établi dans l'école de botanique en 1843, (réimpr. 1850), 237 p., sur gallica (OCLC6846208, lire en ligne)
[Brongniart (Ad.) 1868] Rapport sur les progrès de la botanique phytographique, Paris, Impr. impériale, , 216 p., sur biodiversitylibrary.org (lire en ligne).
[1859] « De la détermination des organes des plantes » (séance du lundi 11 juillet 1859. Suivi d'une discussion (p. 101-110) de Payer et de Moquin-Tandon), comptes-rendus des séances de l'Académie des sciences, , p. 57-60 (lire en ligne [PDF] sur us.archive.org, consulté en ).
↑[Lindley 1830] John Lindley, An introduction to the natural system of botany, or A systematic view of the organisation, natural affinities, and geographical distribution of the whole vegetable kingdom, London, éd. Longmann et al., (réimpr. 1836, 2e éd.), 374 p., sur gallica (lire en ligne).
↑[1836–1850] (la) Genera plantarum secundum ordines naturales disposita, F. Beck, , sur biodiversitylibrary.org (lire en ligne). [1838] (la) Iconographia genera plantarum (125 pl.), , sur biodiversitylibrary.org (lire en ligne).
↑ aetb« Herbier général de l'amateur », liste et liens des 8 tomes de la première série et des 5 tomes de la deuxième série, sur biodiversitylibrary.org (consulté en ).
: document utilisé comme source pour la rédaction de cet article.
[Drohojowska 1882] Antoinette-Joséphine-Françoise-Anne Drohojowska, Les Brongniart et leurs œuvres, Lille / Paris, libr. J. Lefort, coll. « Les savants modernes et leurs œuvres », (réimpr. 1886), 2e éd. (1re éd. 1882), 188 p., sur gallica (lire en ligne), p. 22-122 (Alexandre Brongniart).
[Dumas 1877] Jean-Baptiste Dumas, « Éloge de MM. Alexandre Brongniart et Adolphe Brongniart » (lu dans la séance publique de l'Académie des sciences du 23 avril 1877), Mémoires de l'Académie des sciences de l'institut de France, Paris, vol. 39, , xxxvii-cxx (OCLC876401701, lire en ligne).
[Moiroux 1908] Jules Moiroux, Le cimetière du Père Lachaise, Paris, S. Mercadier, (lire en ligne), p. 88..