De 1975 à 1977, il a été coopérant technique en Algérie, à Guelma, dans une entreprise locale de Bâtiment et Travaux Publics. Bernard Guirkinger a entamé ensuite une carrière au sein du groupe Suez, essentiellement dans les métiers de l'eau, en France et à l'international.
En 1980, il dirige la Sogest, filiale alsacienne du groupe [3], en 1991, il est nommé directeur régional des exploitations sud de Paris [4].
Pendant deux ans à partir de 1995 il est basé à Berlin en qualité de directeur Allemagne et Europe Centrale. De 1996 à 2009, il est successivement Directeur général puis Président Directeur général de Lyonnaise des EauxenFrance[5].
Il est directeur général adjoint du groupe Suez Environnement (15 milliards de CA et 80 000 salariés) de 2004 à 2013 chargé des métiers de l’eau, de la recherche et de l’innovation, de la RSE et des relations institutionnelles.
Il a été Président de la FP2E (Fédération Professionnelle des Entreprises de l’Eau) de 2003 à 2008 [6].
Il est membre du conseil de surveillance et président du comité d'audit de la Compagnie nationale du Rhône. Il est administrateur de Lydec au Maroc et du fonds Suez Environnement Initiatives [7]. Il est également membre du Board du Conseil mondial de l’Eau.
Depuis , Bernard Guirkinger est Délégué régional Grand Est du Groupe SOS, important acteur de l’Économie sociale et solidaire (15 000 salariés) actif dans le domaine médico-social, la santé, le handicap et la jeunesse. Il est président de l'Adeppa.
De 2010 à 2015, Bernard Guirkinger est membre du Conseil économique, social et environnemental[8]. Il est vice-président de la section des affaires européennes et internationale et il a été président de la Commission temporaire sur le Grenelle de l'environnement[1] en 2012. Il a été rapporteur avec Guy Vasseur d'un avis "Au cœur du G20 : une nouvelle dynamique pour le progrès économique, social et environnemental". Avec Céline Mesquida (administratrice de FNE), il a présenté un avis sur « Réussir la Conférence Climat Paris 21 » [9].
