En 1846, il se fixe à Boulogne-sur-Mer comme organiste et maître de chapelle. Il vit avec son frère François, également musicien.
Sa première œuvre publiée date de 1854 : Les Montagnes de la Savoie, morceau fantastique pour le piano[1]. Suivront plusieurs recueils destinés à la vulgarisation et à l'enseignement du piano, de l'orgue et de l'harmonium dont l'usage se répandait dans les églises de campagne. Il est notamment le compositeur de deux curieux tableaux musicaux (œuvres à programme) pour orgue ou harmonium : Bethléem, pastorale religieuseetLe Jugement dernier, morceaux pour une réception d'orgue.
Ces exercices sont surtout des exercices digitaux (employant différentes figures répétées, généralement sur plusieurs octaves) qui n'ont pas, contrairement aux études de différents compositeurs (Chopin, Liszt, voire CzernyouClementi), d'intérêt musical : leur but est purement mécanique (à l'exception, éventuellement, du dernier exercice : "le Trémolo"). La technique à employer pour les exercices est brièvement décrite avant presque chacun d'entre eux : Hanon préconise par exemple l'attaque des octaves à l'aide de l'avant bras.
Malgré ses détracteurs, cette méthode est l'une des plus célèbres, et elle continue à être employée massivement. Elle a été publiée en onze langues au moins et adaptée pour divers instruments. Elle a été approuvée en son temps par Antoine-François MarmonteletGeorges Mathias, professeurs au conservatoire de Paris et par Louis Brassin professeur aux conservatoires de Bruxelles et Saint-Pétersbourg.
Serge RachmaninoffetJosef Lhévinne ont clamé que l'explosion de virtuoses de piano à leur époque était due à l'obligation d'étudier les exercices de Hanon dans les conservatoires russes, où des tests spécifiques imposaient l'exécution de tous les exercices par cœur, à tous les tempi, et dans toutes les tonalités.[réf. nécessaire]
Le Système nouveau pratique et populaire pour apprendre à accompagner tout plain-chant à première vue en six leçons sans savoir la musique et sans professeur (1858)
L'Etude complète de l'orgue mise à la portée de tout le monde (1863-1868)
L'Etude complète du piano (1868)
L'étude complète du piano ; les extraits des chefs-d'œuvre des grands maîtres pour piano, orgue ou harmonium (1872)
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