Sa mère, Sofia Perifano, est grecque originaire de Corfou.
Francesco Saverio Altamura commence ses études chez les Pères Piaristes afin de fréquenter la faculté de médecine, mais il déménage avec sa famille en Campanie à Salerne et à Avellino.
En même temps il suit les cours du soir de l'Académie des beaux-arts. Là il fait la connaissance de Domenico Morelli qui l'encourage à se consacrer à la peinture. À cet effet il fréquente le peintre Michele De Napoli.
Passionné par les sujets historiques, en 1847 il se rend à Rome, après avoir remporté une bourse à la suite d'un concours artistique. Cette somme lui permet aussi de racheter son service militaire. Condamné à mort par contumace pour ses activités subversives envers les Bourbons, il fuit à L'Aquilaen1848, ensuite à Florenceen1850. Là il entre en contact avec le cercle artistique qui se réunit au Caffè Michelangiolo et y rencontre sa future épouse, Eléni Boúkouras, peintre grecque venue étudier, sous des habits d'homme, dans la capitale toscane, avec laquelle il a ensuite trois enfants : Sophie, Alexandre et Ioannis Altamouras (1852-1878) lui aussi peintre. Son mariage dure peu car son épouse volage retourne en Grèce avec les enfants et Altamura se lie à la peintre anglaise, Jane Benham Hay. En 1855 avec Domenico MorellietSerafino De Tivoli il se rend à l'Exposition universelledeParis. Il ramène à Florence les nouvelles tendances qui contribuèrent à la naissance du courant des Macchiaioli, sans abandonner pour autant les sujets historiques.
Pendant son contact avec les Macchiaioli, il peint divers tableaux de paysages.
En1860 il retourne à Naples et rejoint les armées de Giuseppe Garibaldi. Il est élu conseiller chargé de préparer l'entrée de Garibaldi à Naples. Par la suite il poursuit son activité politique, est conseiller à Naples et à Florence, participe au gouvernement avec Bettino Ricasoli.
En 1861 il participe à la Prima esposizione nazionale de Florence avec I funerali di Buondelmonte. En 1865 il réalise les fresques du Palais Royal de Naples.
Il s'établit définitivement à Naples en 1867 et continue à peindre des toiles présentées dans diverses expositions. Parmi les diverses commandes réalisées, il faut noter en 1892 les peintures pour l'église paroissiale de Castrignano de' Greci (Province de Lecce) et la Pietà dans le cimetière de Squinzano.
Il travaille à la fondation de la Pinacothèque de Capodimonte avec Morelli, consultant pour l'achat des œuvres d'art.
En 1896, il publie son autobiographieLa vie et l'art.
Il décède l'année suivante, le 5 janvier 1897 à Naples.
En 1901, sa ville natale, Foggia, lui consacre un buste rebaptisé U Capacchiòn (car la taille de la tête est exagérée par rapport au reste du corps).
Odi vecchi, amori nuovi(Vieilles haines, nouvelles amours), 1864
Défi entre Apollon et Marsia (1843).
L'angelo che appare a Goffredo dall'Oriente più lucente del sole (L'Ange apparaissant à Godefroy d'Orient plus brillant que le soleil) (1847), Galerie de l'académie des beaux-arts de Naples
La morte di un crociato (La Mort d'un croisé) (1848), Pinacothèque communale de Foggia.
Mario vincitore dei Cimbri (Marius vainqueur des Cimbres) (1859), deux versions.
Il Lavoro (le travail) (1860-61), province de Naples.
I funerali di Buondelmonte (Les funérailles de Buondelmonte) (1861), Galerie nationale d'art moderne de Rome, avec Le nozze (collection de la Caisse d'épargne des Pouilles, à Bari) et La tradita (tableau égaré), représentent une trilogie sur la naissance de la rivalité entre GuelfesetGibelins.
Madonna morta (La Mort de la Vierge) et Madonna in gloria (La Vierge en gloire) (1865), fresques de la chapelle du Palais Royal de Naples.
L'Annonciation, Le Sacré-Cœur, Saint Antoine, Saint Roch, L'Assomption, Saint Blaise, Saint Louis, Saint FrançoisetSainte Claire, pour l'église de Castrignano de'Greci (1892).
La Sainte Famille (1893), retable pour la chapelle de l'Institut des Sœurs Marcelines de Lecce.
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