[[プラットホーム|島式ホーム]]2面4線を持つ[[地上駅]]で、ホーム間は地下道で連絡されている。1日の乗降客数が2000人を超えているが[[エレベーター]]・[[エスカレーター]]などの[[バリアフリー]]設備はなく、[[車椅子|車いす]]利用の際は構内の職員専用通路を駅係員付き添いで通るようになっている。
また、駅舎横にはJR四国のグ﹁リトルマープ会社であるパン屋ウィリーウィンキーメイド多度津駅店﹂が併設されている。なお、かつて当駅構内には社員専用の﹁構内食堂﹂︵社員以外も利用可能︶<ref name="udonken"/>が設置され2021年に老朽化で廃止となったが<ref name="asa20210123"/><ref name="san20210225"/><ref name="ehimeinsight"/>、同年[[善通寺市]]の[[善通寺]]西側に移転、店舗名を﹁善通寺構内食堂﹂として営業を再開している<ref name="ehimeinsight"/><ref>{{Cite news|url = https://www.asahi.com/articles/ASP5F72S2P5BPTLC01J.html|title = 新店名は善通寺構内食堂 多度津駅食堂が移転オープン|newspaper = 朝日新聞デジタル|archiveurl = https://web.archive.org/web/20210514031634/https://www.asahi.com/articles/ASP5F72S2P5BPTLC01J.html|date = 2021-05-14|archivedate = 2021-05-14|accessdate = 2021-11-16}}</ref><ref>{{Cite news|url = https://www.yomiuri.co.jp/local/kagawa/news/20210527-OYTNT50134/|title = ﹁構内食堂﹂善通寺で再出発…多度津駅の名物店|newspaper = [[読売新聞オンライン]]|archiveurl = https://web.archive.org/web/20210528034629/https://www.yomiuri.co.jp/local/kagawa/news/20210527-OYTNT50134/|date = 2021-05-28|archivedate = 2021-05-28|accessdate = 2021-11-16}}</ref>。
