[B! 化学] t-tanakaのブックマーク

「6年解けなかった構造があっさり」──タンパク質の“形”を予測する「AlphaFold2」の衝撃　GitHubで公開、誰でも利用可能に

米Alphabet傘下の英DeepMindが、遺伝子配列情報からタンパク質の立体構造を解析するAI﹁AlphaFold v2.0﹂︵以下、AlphaFold2︶をGitHub上で無償公開し、ネット上で注目を集めている。Twitterを利用する生物系の研究者からは﹁革命的な成果だ﹂﹁これからの研究の前提が変わっていく﹂など、AlphaFold2の予測精度に対して驚きの声が相次いだ。なぜAlphaFold2はこれほどの驚きや賞賛をもって迎えられているのか。タンパク質構造解析の難しさをひも解く。未知の部分が多いタンパク質の構造タンパク質は数十種類のアミノ酸からできており、配列によってさまざまな性質に変化する。例えば筋肉、消化酵素、髪の毛はそれぞれ役割が異なるが、いずれもタンパク質で作られている。タンパク質の構造が分かれば、生体内の化学反応の理解が進む。アルツハイマー型認知症やパーキンソン病

t-tanaka 2021/07/21

立体構造は，X線結晶構造解析で﹁正解かどうかの確認﹂や﹁だいたい合ってる構造の精緻化﹂が可能。解けてない結晶構造データも多く，誤差はあってもだいたいの構造を出してくれるだけで，相当に価値がある。 ●サイエンス ●化学

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「C2」が合成された話 : 有機化学美術館・分館

5月13 「C2」が合成された話カテゴリ:有機化学構造有機化学は、いうまでもなく炭素原子を中心とした化学の分野です。炭素は極めて奥深い可能性を持ちますが、やはり一つの元素を世界の化学者がよってたかって200年も研究しているわけですから、炭素だけから成る全く新しい化学種が出てくることは、今やそうそうありません。1985年に登場したフラーレンはその数少ない例の一つであり、だからこそ科学者は驚きと興奮を持ってこれを迎えたわけです。しかし最近になり、「C2」という化学種がフラスコ内で作れることが報告されました（論文。オープンアクセスです）。東京大学の宮本和範准教授、内山真伸教授らの研究グループによる成果です。今回はこの何がすごいのか、ちょっと書いてみます。水素や窒素、酸素といった元素は、それぞれH2、N2、O2といった二原子分子を作り、これらはいずれも安定に存在します。しかし炭素の二原子分

t-tanaka 2020/05/31

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http://www.wynned.com/entry/aum-nakagawa-paper

t-tanaka 2018/05/25

﹁非常に優れた学術誌﹂ならIFは二桁はほしいな(Natureで約40，JACSで13ぐらい)。5以上で一流。3.744だと中堅どころといった感じ。 ●化学

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日本の「国化合物」 : 有機化学美術館・分館

1月27日本の﹁国化合物﹂世界の国の多くには、その国を象徴する動植物が決められています。たとえば日本の国花はサクラ、国鳥はキジ、国魚は錦鯉なんだそうです。国獣も決まっている国が多いのですが、日本にはないようです。このへんはご存じの方も多いと思いますが、たとえば﹁国石﹂もあることはあまり知られていないと思います。日本の国石は水晶で、かつて良質の水晶を産したことからだそうです。水晶︵石英︶の結晶構造国蝶はオオムラサキで、これは1957年に日本昆虫学会の総会で決められたのだそうです。何で蝶ばっかり、国蟻や国甲虫もあってもいいじゃないかという気もしますが、どうやらないようです。もし﹁国虫﹂を決めるなら、日本の別名を﹁秋津島﹂というくらいなので、トンボにすべきではないかと個人的には思います。国蝶・オオムラサキのオス︵Wikipediaより︶ 2006年には﹁国菌﹂も決まりました。日本醸造

t-tanaka 2016/01/27

ここは意表を突いてDHMOで。

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化学系院生の研究ライフ - LINE スタンプ | LINE STORE

LINEヤフー株式会社はスタンプ/絵文字/着せかえ制作者への売上レポートの提供のために、お客様の購入情報を利用します。購入日付、登録国情報は制作者から確認することができます。(お客様を直接識別可能な情報は含まれません)

t-tanaka 2015/05/18

「サクエチしかいない」大爆笑。

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青色LEDにかこつけて、人類が利用してきた青色をまとめてみた - 最終防衛ライン3

自然界に青色はたくさんあるけども､青い色素は少ないなぜ青色発光ダイオードがすごい発明かと言うと、青いバラがないように、自然界に青色が存在しないからなんだよね。絵画の世界でも17世紀のフェルメールが発明するまで青色の絵の具はなかった。自然界に青色がない理由を「神様が空を描くのに使いすぎたから」なんてロマンチックな話もあるけど。— 指南役 (@cynanyc) 2014, 10月 7 青色LEDがすごい発明な理由はノーベル物理学賞関連で散々語られているでしょう。主に窒化ガリウムの結晶化と半導体として利用するのが困難だったためです。青色LEDの技術のお陰で、輝度の高い緑色LEDが作れるようになり、ディスプレイなどへ利用できるようになりました。その他に、ツッコミどことはたくさんありますが･･･例えば､青いバラがないのはバラという品種が青い色素を有しないからです｡フェルメールが青い顔料を発明

t-tanaka 2014/10/16

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世界の化学企業いくつ知っていますか？ | Chem-Station (ケムステ)

まずはこの問いに答えてみてください。﹁世界の化学企業Top50といったらどの会社名を思い浮かべますか？何個でもよいのであげてください。﹂つい最近まで就職活動をやっていた方はたくさんでてくるのかもしれません。ちなみにうちの学生に聞いたら殆どでてきませんでした。筆者は半分弱ほどでした。GW中に以下の書籍を拝読したため、まとめも兼ねまして紹介したいと思います。この書評はこちら。グローバル化学企業21社書籍にあげられている21社をあげてみました。スリーエム(23)、デュポン(19)、P&G(2)、BASF(1)、バイエル(6)、ダウ・ケミカル(4)、エクソンモービル(14)、ファイザー(3)、ロシュ(16)、アムジェン(43)、モンサント(58)、PPGインダストリーズ(56)、アクゾノーベル(35)、リンデ(46)、サビック(9)、FPG(17)、LG化学(33)、リライアンス・イン

t-tanaka 2014/05/08

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信じられない！驚愕の天然物たち | Chem-Station (ケムステ)

天然っていうとなんか体に良さそうとかいうイメージありませんか？天然成分配合とか、天然酵母で作ったパンとか。有機っていうとなんか環境に優しそうなイメージありませんか？有機栽培とか。じゃあ天然有機化合物は環境に優しくて体にいい感じ？それほどでも無いですか。そうですか。失礼いたしました。天然物化学に携わる研究者なら、研究のシーズを探すためにもユニークな化合物が発見されないかなあと日々気にしていることと思います。でもたまにちょっと信じがたいような化合物の発見に関する論文に出くわす事があります。今回のポストではいろんな意味で信じられない化合物を紹介したいと思います。いわゆる天然物化学の世界では、まず微生物や植物などから化合物を分離、同定することから始まります。その後、生物活性や化学合成、生合成や作用機作の研究などへ発展していくことがほとんどです。全く新しい構造の化合物や、もの凄い生物活性を

t-tanaka 2014/02/20

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「光合成で消費されるCO2のOと、生産されるO2のOは同じものじゃない」の解説

ぐるぐるうづまき @guruguruuzumaki さて、こないだなっこさん︵ @nacco_86400s ︶から出題された﹁光合成で消費されるCO2のOと、生産されるO2のOは同じものじゃない﹂ってのがよく分かんないってお話について、解説な感じで話をしてみたいと思います。だいぶ長い話なので真夜中にうｐするのです。ごめんなさい。 2013-06-27 03:18:07 ぐるぐるうづまき @guruguruuzumaki 光合成の化学反応式は 6CO2+12H2O+光エネルギー→C6H12O6＋6H2O＋6O2 で表されます。これは全体の反応についてまとめた反応式なので、左式の酸素原子と右式の酸素原子の由来がわかりにくいですね。だもんで個別の反応について解説していきます。 2013-06-27 03:19:46 ぐるぐるうづまき @guruguruuzumaki 光合成は葉緑体で起きてるって

t-tanaka 2013/06/27

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優れた研究者は優れた指導者 | Chem-Station (ケムステ)

よく耳にするタイトルのフレーズですが、優れた研究者は優れた教育者。先日、実感するエピソードを聞きましたのでご紹介します。とある超有名先生のお話。有機化学では人名反応にもなっているほどのビッグネームの先生で、筆者が学生の時分には既に退官されており、特別講演を聞く機会が一度あっただけでした。講演は反応開発から全合成を、研究のエピソードを交えた、年齢を感じさせないエネルギッシュな内容でした。先日、その有名先生の研究室出身の方と話す機会がありまして、筆者からすると既に伝説で、非常に厳しかったという噂だけを聞いているという話をしたところ、個々人をみて、合わせた指導が非常に上手いところが凄いということでした。具体的には、全員にこまめに声をかけ、うまくいっていない人には、細かい指示ややることをどんどん与えていき、あるレベルになった人や、うまく進んでいる人には自分で考えさせるような方向性へ誘導する

t-tanaka 2013/05/28

有機合成化学は，メンタル的にきつい研究室が多いからなあ。ブラック度では，理学部随一かもしれない。

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ノーベル化学賞は化学者の手に | Chem-Station (ケムステ)

皆さんご存知の通り今年のノーベル化学賞は、全世界があっと驚く誰もが予想していなかったであろうGタンパク質共役受容体(G protein-coupled recepter, GPCR)」に関する研究でDuke大学のRobert J. Lefkowitz教授とスタンフォード大学のBrian K. Kobilka教授になりました。おめでとうございます！受賞対象となった論文は生命科学における大変重要な発見について述べられており、膜タンパク質という難敵の構造と作用機構を明らかとした人類の偉業であることに疑いの余地はありません。詳しくはこちら。でもなんかポアンカレ予想が、ペレルマンによってトポロジーではなく微分幾何学で証明されてしまったときのような・・・釈然としないというか、肩透かしをくらったような気がするのは筆者が不勉強、了見が狭いからでしょうか。今回のポストではノーベル賞フィーバーに水をさすわ

t-tanaka 2012/10/16

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部活リケジョ「化学」大発見、米専門誌に掲載へ : 科学 : YOMIURI ONLINE（読売新聞）

茨城県の女子高生らが新たな化学現象を発見し、権威のある米専門誌に論文が掲載されることが決まった。専門家は「高校生の論文掲載は世界的な快挙。今後は彼女らの実験結果を、プロの化学者が後追い研究することになるだろう」とたたえている。茨城県立水戸第二高の数理科学同好会に所属し、今春までに卒業した小沼瞳さん（１９）ら５人で、２００８年２月の金曜日、「ＢＺ反応」という実験を行った。酸化と還元の反応を繰り返すことにより、水溶液の色が赤と青に交互に変わる。その日、水溶液の色は想定通り赤で動かなくなった。メンバーは器具を片付けないままカラオケへ。ところが月曜日に実験室に戻ると、液は黄色くなっていた。予想外のことで、観察を繰り返した結果、赤青の変化が一度止まった後、突然、始まった。全く知られていない現象だったが、試薬の条件が整えば、５～２０時間後に変化が再開することを突き止めた。

t-tanaka 2011/11/17

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佐藤健太郎 on Twitter: "ツイッターで収まる周期表→氫氦鋰鈹硼碳氮氧氟氖鈉鎂鋁矽磷硫氯氬鉀鈣鈧鈦釩鉻錳鐵鈷鎳銅鋅鎵鍺砷硒溴氪銣鍶釔鋯鈮鉬鎝釕銠鈀銀鎘銦錫銻碲碘氙銫鋇鑭鈰鐠釹鉕釤銪釓鋱鏑鈥鉺銩鐿鎦鉿鉭鎢錸鋨銥鉑金汞鉈鉛鉍釙砈氡鍅鐳錒釷鏷鈾錼鈽鋂鋦鉳鉲鑀鐨鍆鍩鐒鑪𨧀𨭎𨨏𨭆䥑鐽錀"

ツイッターで収まる周期表→氫氦鋰鈹硼碳氮氧氟氖鈉鎂鋁矽磷硫氯氬鉀鈣鈧鈦釩鉻錳鐵鈷鎳銅鋅鎵鍺砷硒溴氪銣鍶釔鋯鈮鉬鎝釕銠鈀銀鎘銦錫銻碲碘氙銫鋇鑭鈰鐠釹鉕釤銪釓鋱鏑鈥鉺銩鐿鎦鉿鉭鎢錸鋨銥鉑金汞鉈鉛鉍釙砈氡鍅鐳錒釷鏷鈾錼鈽鋂鋦鉳鉲鑀鐨鍆鍩鐒鑪𨧀𨭎𨨏𨭆䥑鐽錀

t-tanaka 2011/07/19

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｢乱暴なトリック｣で合成に成功！水素原子2億個分の質量を持つ史上最大の人工合成分子｢PG5｣

｢乱暴なトリック｣で合成に成功！水素原子2億個分の質量を持つ史上最大の人工合成分子｢PG5｣2011.01.24 18:00 satomi いつかこれで命拾いするかもしれませんよ？直径10ナノメートル、水素原子2億個！人がつくった合成分子としては押しも押されぬ過去最大の合成分子｢PG5｣です。生成に成功したのは、スイス連邦工科大学チューリッヒ校のDieter Schlüter氏率いる科学者のチームなんですが、人体の局所にターゲットを絞った薬の投与を可能にするオーダーメードの分子合成の次なる重要な一歩として熱い注目が集まってるんですよ。これまではこういう巨大な合成分子は、生成を進めていくと、ある時点で自壊するのでサイズもケーパビリティも限られていました。が、PG5は別格。これだけ大きなものが生成できたのは、独マインツのマックス・プランク高分子研究所のKlaus Mullen氏が｢

t-tanaka 2011/01/25

﹁分子量2億﹂は﹁水素原子2億個分﹂と書きなおさないと一般には通じないのか。通常のポリエチレンで分子量数万から数十万，DNAで分子量数百万。分子量2億は相当おおきい。 ●サイエンス ●化学

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【放送事故】報ステで古舘アナがベンゼン環図を間違え、ノーベル化学賞受賞の鈴木章さんが半切れ : 痛いニュース(ﾉ∀`)

︻放送事故︼報ステで古舘アナがベンゼン環図を間違え、ノーベル化学賞受賞の鈴木章さんが半切れ 867 名前‥ 商業(神奈川県)‥2010/10/06(水) 23:13:56.74 ID:h5dC4jpQ0 ︵一部略︶古舘﹁先程VTRで流れた図が間違っておりました、左が間違いで、右が正しい図です先生、これで宜しいですよね？﹂鈴木﹁それも違います。さっき正しい図を書いて記者の方に渡しましたよ。それが届いたでしょう？﹂︵しばらくのち︶古舘﹁︵ようやく正しい図を出して︶これでいいですか？﹂鈴木﹁ああ、それであってます﹂古舘﹁︵ベンゼン環の間の線を指して︶これがパラジウムなんですね？﹂鈴木﹁アァッ！？﹂古舘﹁…これが…パラジウム、なんですよね？﹂鈴木﹁あぁ、もう、…つまり、最終的にはその図になるということです﹂古舘﹁アハハ、まあ、ここに到るまでが複雑だということで﹂鈴木﹁そ

t-tanaka 2010/10/07

ほんとうにひどい報道だった。TVの番組がひどいのは「TVは視聴者をバカと仮定して番組を作っている」からといわれるが，単に「TVの作り手はバカ」であるにすぎない，ということが露呈した事象。

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化学パズル : 有機化学美術館・分館

7月4化学パズル化学という分野は、パズル的要素が多いと筆者は思っております。超分子化学、フラーレンなどは多面体パズルの要素を含みますし、NMRの解析なども非常にパズル的といえるでしょう。さらにいえば全合成という分野そのものも、自然が創り出した化合物を人の手でいかに効率よく造るかという、壮大なパズルともいえます。というわけでこの分野にはパズル好きの人が多いようで、ニコリなど買い込んで、実験の合間に解いている人も見かけます。筆者もご多分に漏れず結構なパズル好きで、昔からその手の本をよく読んでいます。個人的にはスリザーリンクが一番得意ではあります。で、最近﹁化学のパズルの本を出せないか﹂というお話をいただきました。化学者が息抜きに読めるような本、先生方が授業の小ネタに使えるような本、てなところを目指したいと思っています。たとえばの話、川端先生のサイトで以前﹁デカンの75種の異性体を全て

t-tanaka 2010/07/05

コメントした。ずれた・・・ (T_T)

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化学で(´･ω･`)ｼｮﾎﾞｰﾝ:アルファルファモザイク

12 あるケミストさん :04/10/26(火) 16:23:08 目薬と間違えて点鼻薬を点眼して(´･ω･`)ｼｮﾎﾞｰﾝ 13 あるケミストさん :04/10/27(水) 06:00:20 レポート仕上げたいのに紙がなくなった(´･ω･`)ｼｮﾎﾞｰﾝ買いに行くのが面倒くさいぞ(´･ω･`)ｼｮﾎﾞｰﾝってか提出間にあうのか？(´･ω･`)ｼｮﾎﾞｰﾝ 16 あるケミストさん[ (　´`ω´)] :04/10/29(金) 16:31:51 文学部国文科なのに、アセチルコリン・エステラーゼの講義ばっかり(´･ω･`)ｼｮﾎﾞｰﾝ 17 あるケミストさん :04/10/29(金) 20:25:51 ｢ASAYAN｣から出た男性二人組歌手が｢CHEMISTRY｣という名前で(´･ω･`)ｼｮﾎﾞｰﾝネーミングセンスおかしいぞ(´･ω･`)ｼｮﾎﾞｰﾝ 19 あるケ

t-tanaka 2010/03/25

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メチレン炭素の酸化反応 : 有機化学美術館・分館

2月22メチレン炭素の酸化反応すでにあらゆる反応が出尽くしたかとも思える有機合成の世界ですが、まだ満たされていない重要なニーズは存在します。その一つが、何も手がかりのないところに官能基を導入する手段でしょう。官能基から別の官能基への変換はいろいろな手がありますが、無から有を生み出すのはなかなか大変な仕事です。ただのアルキル鎖に、選択的に官能基を導入する手段は昔から検討されてきました。三級炭素を酸化するのは中でも比較的簡単であり、オゾンや四酸化ルテニウムのような強力な酸化剤を用いることで実現できます。 R3C-H　→　R3C-OH また、炭素鎖の末端にホウ素官能基を導入する反応は、Hartwigらのグループによって2000年に報告されました。これは有機化学における歴史的ブレイクスルーの一つでしょう。詳しくは﹁化学者のつぶやき﹂さんの解説記事などご参照下さい。しかし、実は二級炭素︵メチ

t-tanaka 2010/02/22

「吹いたら負け」←これがやりたくて記事かいたんでしょ（笑）

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有機化学界に押し寄せる萌えの波 : 有機化学美術館・分館

12月10有機化学界に押し寄せる萌えの波先日、﹁グラフィカルアブストラクト﹂というエントリで、筆者は”近い将来﹁萌えGA﹂が出現するのではないかというのが自分の予想です。”とコメントしました。そしてその日は、案外早くやってきたようです。JOCの新着をチェックしていてコケた人も多いことでしょう。これです。著者はアメリカとデンマークの先生ですが、ご覧の通り絵のタッチは欧米のものではありません。どう見ても、WabiとSabiに続く第3の日本の精神文化﹁Moe﹂を深く修めた者のみに可能な絵柄です。日本でも元素の擬人化本などがヒットしましたが、こちらは何とエンタルピーとエントロピーという、完全に抽象的な概念を擬人化してしまっています。Moeのスピリットは世界を制し、本家日本さえ上回ってしまったのかもしれません。すでに生物学方面では、荒木飛呂彦氏の描いた絵がCell誌の表紙を飾った実例がありま

t-tanaka 2009/12/10

「WabiとSabiに続く第3の日本の精神文化「Moe」」

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紫綬褒章 : 有機化学美術館・分館

11月3紫綬褒章本日は文化の日。といえば秋の叙勲で、各界で活躍した人に褒賞が与えられるのが恒例になっています。これもいろいろ種類があって、たとえば紅綬褒章は人命救助をした人、紺綬褒章は個人ならば500万円以上の寄付をした人に与えられるそうです。他にも緑・黄・紺などの種類があるそうですので、興味のある方はWikipediaの﹁褒賞﹂の項目などご覧下さい。もちろん、その中で一番有名なのは紫綬褒章で、スポーツ選手や芸能人に与えられることが多いため大きく報道されます。今年春はWBC日本代表、またこの秋には中島みゆきさんなどが受賞したことが大きく報じられました。さてその今秋の叙勲では、紫綬褒章25人のうち、なんと化学者が4人を占めました。上村大輔︵慶大理工︶・中村栄一︵東大理︶・福山透︵東大薬︶・細野秀雄︵東工大セラミックス研︶の四氏です︵細野先生は物理に近いかもしれませんが︶。ということで

t-tanaka 2009/11/04

「今年の現代化学7月号で、上記4人のうちの上村・中村・細野3教授による対談が行われている」

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