En1963, l'archéologue indien Acharya Bhagwan Dev découvre le site et son collègue Suraj Bhan confirme que le village est situé sur l'emplacement d'une ancienne cité de la civilisation de la vallée de l'Indus.
En fait, il se révèle composé de trois couches correspondant à trois périodes (primitive, principale et tardive) de cette civilisation. On pense que le site fut habité du XXXVe siècle av. J.-C. jusqu'à la période Koushane, soit vers 100 apr. J.-C. La véritable exploitation commence en décembre 1997, l'Archaeological Survey of India procède alors à une fouille révélant une cité de plus de 2 km2 de superficie et mettant au jour une grande quantité d'objets, certains ayant plus de 5 000 ans d'âge.
La population de Rakhigarhi au moment de son plein développement est estimée à 50 000 personnes, peut-être plus si la superficie du site se révèle plus importante que prévu.
On a découvert à Rakhigarhi des rues pavées, un système d'égouts pour le traitement des eaux usées, mais aussi de collecte et de stockage des eaux de pluie, des ateliers de production de briques et de statues en terre cuite ainsi que de travail du métal, bronzeetmétaux précieux. La joaillerie y était pratiquée, notamment la fabrication de bracelets en terre cuite, en or et pierres semi-précieuses, en nacre de coquillage. On y a découvert aussi un hameçon en cuivre, une balance et ses poids ainsi que divers ustensiles.
La ville était peut-être située sur les rives de la Sarasvatî.
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