中 立 進 化 説 ︵ ち ゅ う り つ し ん か せ つ 、 英 語 : n e u t r a l t h e o r y o f m o l e c u l a r e v o l u t i o n ︶ と は 、 分 子 レ ベ ル で の 遺 伝 子 の 変 化 は 大 部 分 が 自 然 淘 汰 に 対 し て 有 利 で も 不 利 で も な く ︵ 中 立 的 ︶ 、 突 然 変 異 と 遺 伝 的 浮 動 が 進 化 の 主 因 で あ る と す る 説 。 分 子 進 化 の 中 立 説 、 あ る い は 単 に 中 立 説 と も い う 。 国 立 遺 伝 学 研 究 所 の 木 村 資 生 ( き む ら も と お ) に よ っ て 1 9 6 0 年 代 後 半 お よ び 1 9 7 0 年 代 前 半 に 発 表 さ れ て 、 セ ン セ ー シ ョ ン を 巻 き 起 こ し た 説 で あ る 。 [ 1 ] [ 2 ] [ 3 ] [ 4 ] 中 立 説 は 自 然 選 択 説 と の 間 で 論 争 を 引 き 起 こ し た 。
中 立 突 然 変 異 の 幅 広 い 存 在 を 示 唆 し た 者 は 以 前 か ら い た 。 S u e o k a ( 1 9 6 2 ) [ 5 ] も そ の 一 人 で あ る 。 し か し 、 木 村 資 生 ︵ 1 9 6 8 ︶ は 中 立 進 化 を 一 貫 し た 理 論 と し て 初 め て 定 式 化 し た 。 こ れ に 続 い て す ぐ J a c k L . K i n g と T h o m a s H . J u k e s に よ る ﹃ 非 ダ ー ウ ィ ン 進 化 ﹄ ︵ 1 9 6 9 ︶ [ 6 ] と い う セ ン セ ー シ ョ ナ ル な 論 文 が 発 表 さ れ た 。
こ の 説 に は 以 下 の 二 つ の 重 要 な 主 張 が 含 ま れ る 。
第 一 に 、 現 存 種 の ゲ ノ ム を 比 較 す る と 分 子 レ ベ ル で の 違 い の 大 部 分 は 自 然 選 択 に ﹁ 中 立 ﹂ で あ る 。 つ ま り 分 子 レ ベ ル で の 違 い の 大 部 分 は 生 物 個 体 の 適 応 度 に 何 ら 影 響 を 及 ぼ さ な い 。 こ の 結 果 中 立 説 は 、 ゲ ノ ム の 分 子 レ ベ ル で の 変 化 が 、 自 然 選 択 を 受 け な い し 、 ま た 、 自 然 選 択 に よ っ て 説 明 さ れ な い 、 と す る 。 こ の 見 解 を も た ら し た 根 拠 の 一 つ に 遺 伝 子 コ ー ド の 縮 退 が あ る 。 遺 伝 子 コ ー ド の 3 塩 基 は 、 異 な る も の が 同 じ ア ミ ノ 酸 を コ ー ド す る 場 合 が あ る ︵ 例 え ば G C C と G C A は ど ち ら も ア ラ ニ ン を コ ー ド す る ︶ 。 そ の 結 果 単 一 塩 基 で の 変 化 の 多 く は そ の 効 果 が サ イ レ ン ト で あ り ア ミ ノ 酸 変 化 を も た ら さ な い ︵ コ ド ン # 遺 伝 コ ー ド の 縮 重 あ る い は 非 表 現 突 然 変 異 を 参 照 ︶ 。 こ の よ う な 変 化 は 生 物 学 的 な 効 果 が ほ と ん ど あ る い は 全 く な い と 考 え ら れ る 。 た だ し 、 中 立 説 の 初 版 は ア ミ ノ 酸 変 化 率 の 一 定 性 に 基 づ い た も の で 、 こ れ ら ︵ ア ミ ノ 酸 ︶ 変 化 の 大 部 分 も 中 立 で あ る と 仮 定 し て い た 。
中 立 説 の 第 2 の 主 張 あ る い は 仮 定 は 、 進 化 的 変 化 の 大 部 分 は 中 立 遺 伝 子 に 働 く 遺 伝 的 浮 動 の 結 果 で あ る と す る 。 遺 伝 子 の 塩 基 配 列 中 の 1 塩 基 に 自 然 突 然 変 異 が 起 こ っ て 新 し い 対 立 遺 伝 子 が 生 ず る と 、 単 細 胞 生 物 で は こ の よ う な 変 化 は 直 ち に 新 規 の 遺 伝 子 と し て 集 団 に 寄 与 し 、 以 後 の 存 亡 は 遺 伝 的 浮 動 に ゆ だ ね ら れ る 。 両 性 生 殖 を 行 う 多 細 胞 生 物 で は 、 個 体 中 の 性 細 胞 の 一 つ に 塩 基 置 換 が 起 こ ら な け れ ば な ら な い 。 さ ら に こ の 性 細 胞 が 胚 発 生 、 続 い て 個 体 発 生 に 係 わ っ て 、 初 め て こ の 突 然 変 異 が 集 団 中 に 新 規 遺 伝 子 と し て 寄 与 す る 。 塩 基 置 換 が 中 立 で あ れ ば 新 し い 対 立 遺 伝 子 も 中 立 で あ る 。
こ れ ら 新 対 立 遺 伝 子 は 遺 伝 的 浮 動 に よ っ て 集 団 中 に 広 が っ て い く 。 あ る も の は 消 失 す る で あ ろ う し 、 ま れ に 集 団 中 に 固 定 さ れ る ︵ 新 し い 遺 伝 子 が 集 団 中 で 古 い 遺 伝 子 と 完 全 に 置 き 換 わ る ︶ も の も あ る だ ろ う 。
遺 伝 的 浮 動 の 数 学 的 原 理 に よ り 互 い に 多 様 な 変 化 を 遂 げ た 集 団 を 比 較 し て み る と 、 1 塩 基 置 換 の 大 部 分 は 突 然 変 異 を も っ た 個 体 が 生 じ る 率 と 同 じ 率 で 集 積 し て き た と 考 え ら れ た 。 こ の 率 は D N A 複 製 酵 素 の エ ラ ー 率 か ら 予 想 で き る と い う 議 論 が 行 な わ れ た 。 D N A 複 製 酵 素 は よ く 研 究 さ れ て お り あ ら ゆ る 種 を 超 え て き わ め て よ く 保 存 さ れ て い る 。 こ う し て 中 立 説 は 分 子 時 計 技 術 の 基 礎 を 与 え て い る 。 分 子 進 化 生 物 学 者 は 、 種 が 共 通 祖 先 か ら 分 岐 し て か ら ど れ 位 の 年 月 が 経 過 し た か を 測 る の に こ れ を 用 い る 。 突 然 変 異 率 は 一 定 と は 考 え ら れ な い が 、 様 々 な 複 雑 な 分 子 時 計 が 考 案 さ れ て い る 。
木 村 [ 7 ] の ほ か に 、 分 子 生 物 学 者 や 集 団 遺 伝 学 者 の 中 で 中 立 説 の 発 展 に 貢 献 し た 研 究 者 は 数 多 く い る 。 こ の こ と に つ い て は 現 代 進 化 学 の 統 合 の 流 れ の 中 で 概 観 さ れ る だ ろ う 。 [ 8 ]
有 利 な 変 異 は 自 然 選 択 に よ っ て 選 択 さ れ 、 不 利 な 変 異 は 排 除 さ れ る と い う 点 で は 選 択 説 と 共 通 す る 。 ﹁ 有 利 な 変 異 ﹂ と は 表 現 型 に 影 響 し 、 生 物 の 住 む 環 境 に お い て 、 そ の 突 然 変 異 が 生 じ た 遺 伝 子 を も つ 個 体 の 適 応 度 ︵ 生 存 率 や 繁 殖 率 ︶ を 高 め る 変 化 の こ と で あ る 。 自 然 選 択 が 関 わ る の は 生 物 の 表 現 型 で あ る 。
中 立 進 化 説 で は 、 突 然 変 異 の 大 部 分 が 、 表 現 型 に 影 響 せ ず 、 生 物 に と っ て 有 利 で も 不 利 で も な い 中 立 的 な 変 化 で あ る と い う 事 実 に 注 目 す る 。 中 立 的 な 突 然 変 異 が 起 き て も 子 孫 を 残 せ る 確 率 の 期 待 値 は 変 わ ら な い が 、 個 体 に よ っ て は た ま た ま 多 く の 子 孫 を 残 す も の も い れ ば 、 残 せ な い も の も い る 。 そ の な か で 、 中 立 的 な 突 然 変 異 を 起 こ し た 遺 伝 子 は 、 運 が よ け れ ば 子 孫 の 個 体 に 残 る だ ろ う し 、 悪 け れ ば 消 え て し ま う だ ろ う 。 こ の 運 良 く 子 孫 の 個 体 に 残 っ た 中 立 的 な 突 然 変 異 が 集 団 の な か に 広 が っ て 定 着 し て い く 。 つ ま り 、 遺 伝 子 に 起 き た 中 立 的 な 突 然 変 異 が 、 全 く の 偶 然 に よ っ て 広 が る こ と で も 進 化 が 起 き る と 考 え る 。 こ の 過 程 を 遺 伝 的 浮 動 と 呼 ぶ 。 自 然 選 択 に よ る 進 化 が 適 応 を 生 み 出 す の に 対 し て 、 中 立 的 な 進 化 は 前 適 応 や 遺 伝 的 な 多 様 性 の 原 因 に な る と 考 え ら れ て い る 。
分 子 レ ベ ル で の 遺 伝 子 の 突 然 変 異 は 、 そ の ほ と ん ど が 自 然 選 択 に 対 し 有 利 で も 不 利 で も な い 中 立 な も の で 、 そ れ が 集 団 中 に 広 ま る の は 偶 然 に よ っ て 決 ま る 。 す な わ ち 、 遺 伝 子 の 広 ま り の 決 定 要 因 に は 、 運 の よ さ ︵ サ バ イ バ ル ・ オ ブ ・ ザ ・ ラ ッ キ ス ト ︶ と 適 者 生 存 ︵ サ バ イ バ ル ・ オ ブ ・ ザ ・ フ ィ ッ テ ス ト ︶ が 関 係 し て い る 。
木 村 は ﹁ 中 立 説 は 適 応 進 化 の 決 定 要 因 と し て 自 然 選 択 の 役 割 を 否 定 す る も の で は な い ﹂ [ 9 ] と し た が 、 こ の 考 え は 、 ダ ー ウ ィ ン の 自 然 選 択 説 と 、 そ れ に 基 づ く 進 化 の 総 合 説 を 否 定 し て い る と 誤 解 さ れ 、 当 初 は 大 き な 反 発 を 受 け た 。
そ の 後 、 様 々 な 証 拠 が 集 ま る と と も に 、 中 立 説 と 自 然 選 択 説 は 並 立 す る 概 念 で あ る こ と が わ か り 、 大 部 分 の 進 化 生 物 学 者 が 、 両 説 は 両 立 で き る も の で あ る と し て 受 け 入 れ る に 至 っ た 。
木 村 説 が 初 め て 発 表 さ れ る や 、 白 熱 し た 論 争 が 起 こ り 、 多 く は ゲ ノ ム 中 の 中 立 遺 伝 子 と 非 中 立 遺 伝 子 の 割 合 に 関 し て 展 開 さ れ た 。 [ 10 ] 論 争 を 遠 目 に 見 て い た 多 く の 研 究 者 の 認 識 と は 反 対 に 、 論 争 は 、 自 然 選 択 が 働 い て い る の か ど う か と い う こ と に 関 し て で は な か っ た 。 木 村 は 分 子 進 化 に は 中 立 進 化 が 幅 を 利 か せ て い る が 、 表 現 型 レ ベ ル の 形 質 の 変 化 に は サ ン プ リ ン グ の 偶 然 に よ る 遺 伝 的 浮 動 よ り も 自 然 選 択 が 働 い て い る ほ う が 多 い だ ろ う と 論 じ た 。 [ 11 ]
太 田 朋 子 は 木 村 の 学 生 で 、 一 時 的 に 微 小 有 害 突 然 変 異 が か な り 一 般 的 に 存 在 し て い る か も 知 れ な い と い う 考 え に 迷 い 込 ん だ こ と も あ っ た が 、 [ 12 ] 中 立 説 に 、 ﹁ ほ ぼ 中 立 な ﹂ 選 択 性 と い う 概 念 を 取 り 入 れ る と い う 重 要 な 一 般 化 を 行 っ た 。 [ 13 ] [ 14 ] [ 15 ] つ ま り 遺 伝 子 が 大 部 分 浮 動 に よ る 影 響 を 受 け る か 、 選 択 に よ る 影 響 を 受 け る か は 、 交 配 集 団 の 有 効 な 大 き さ に よ っ て 決 ま る と す る 。 中 立 説 派 - 選 択 説 派 の 喧 噪 は 沈 静 化 し た が 、 中 立 遺 伝 子 と 非 中 立 遺 伝 子 の 割 合 に 関 す る 問 題 は ま だ 続 い て い る 。 G r a u r と L i ( 2 0 0 0 ) [ 16 ] は 次 の よ う に 言 っ て い る 。 ﹃ 分 子 進 化 の 将 来 に つ い て わ れ わ れ が 予 言 し た い こ と は 2 つ し か な い 。 1 つ は か つ て の 論 争 に 関 係 し て い る 。 中 立 説 派 - 選 択 説 派 の 論 争 や イ ン ト ロ ン の 起 源 の 古 さ と い う よ う な 問 題 に 関 す る 論 争 は 続 く だ ろ う 。 そ の 際 ﹁ 中 立 説 は 死 ん だ ﹂ と か ﹁ 中 立 説 よ 永 遠 な れ ﹂ と い う よ う な 叫 び は 凶 暴 性 の 帯 び か た に 程 度 の 差 は あ れ 1 つ の 論 文 の タ イ ト ル に 鳴 り 響 く こ と は 時 々 あ る だ ろ う ﹄
それまでの現存生物や化石 として残っている古生物の形態を調べる従来の進化の研究に、分子生物学 の進歩によって遺伝子 の塩基配列 進化やタンパク質 のアミノ酸配列 進化を分子レベルで調べることが可能になった。こうして調べると、予想以上に多くの中立的な突然変異が起きていることが判明した。
偽 遺 伝 子 と は 、 正 常 遺 伝 子 か ら 重 複 に よ っ て 生 じ た 後 、 何 ら か の 理 由 に よ っ て 遺 伝 子 と し て の 機 能 を 失 っ た 、 い わ ば 遺 伝 子 の 残 骸 で あ る 。 正 常 遺 伝 子 に 起 こ っ た 突 然 変 異 は 、 自 然 淘 汰 に よ り 排 除 さ れ る 可 能 性 が あ る が 、 偽 遺 伝 子 に は 表 現 型 効 果 が な い た め 、 こ こ に 生 じ た 突 然 変 異 は 自 然 淘 汰 に か か ら な い ︵ す な わ ち 中 立 な 突 然 変 異 ︶ 。 マ ウ ス の ヘ モ グ ロ ビ ン 偽 遺 伝 子 の 研 究 か ら 、 正 常 遺 伝 子 に 比 べ て 偽 遺 伝 子 の 進 化 速 度 は 非 常 に 速 い こ と が わ か っ た が 、 こ れ は 中 立 進 化 説 の 予 測 ど お り で あ る 。
インスリン の前駆体プロインスリンは3つの部分(A-C-B)から構成されており、タンパク質として合成された後、中央部分のC領域が切り出され、残りのAとBがインスリンを構成することでホルモンとして作用するようになる。A・B領域のアミノ酸置換率に比べてC領域のアミノ酸置換率は6倍になっている。これは、C領域は切り捨てられる部分なので、ここでの突然変異は自然淘汰に対して中立である場合が多いが、A・B領域はホルモン本体を構成するので、この領域における突然変異は致命的になりやすい、と考えれば容易に理解できる。
アルギニノコハク酸合成酵素(AS)遺伝子は9番染色体上に位置しているが、ASの偽遺伝子が多数存在しており、7番染色体とY染色体に存在している2つの偽遺伝子(これをφ-7、およびφ-Yとする)の塩基配列が調べられた。φ-7、φ-Yはいずれも共通の祖先偽遺伝子(これをφ-aとする)に由来している。φ-a→φ-Yの進化の過程における塩基置換率は、φ-a→φ-7の塩基置換率の2.2倍であることが判明した。これは、オスの生殖細胞形成の際の分裂回数がメスに比べてはるかに多く、その結果複製ミスによる塩基の置換が発生しやすいことを反映している。つまり、7番染色体は平均して2世代につき1世代をオスの中で過ごすが、Y染色体は必ずオスの体にしか存在しないため、Y染色体の複製ミス発生率は7番染色体の2倍になるのであると考えればよい。このように複製ミスの発生率と塩基の置換率が単純に比例していることは、塩基の置換による突然変異が、自然淘汰に対して中立であることを示している。
中 立 説 を 理 論 的 根 拠 と す る 分 子 時 計 に よ っ て 種 分 化 の 起 き た 時 期 や 、 生 物 種 間 の 系 統 関 係 な ど が 調 べ ら れ る 。
さ ら に 進 ん で 、 相 同 な 2 つ の 遺 伝 子 の 塩 基 配 列 を 比 較 し た と き 、 配 列 に 変 化 の 少 な い 部 分 が あ る と 、 こ の 部 分 は 遺 伝 子 が 機 能 す る 上 で 重 要 な 部 分 で あ る ︵ つ ま り 、 生 存 に 不 利 な 突 然 変 異 は 自 然 選 択 に よ り 排 除 さ れ る ︶ と 考 え 、 変 化 の 大 き い 部 分 は 重 要 で な い 部 分 で あ る ︵ つ ま り 、 そ の 部 分 は 表 現 型 に 発 現 さ れ ず 中 立 で あ る た め 、 変 異 が 多 数 蓄 積 し て い る ︶ と 考 え る こ と が で き る 。
2 0 0 0 年 代 の 初 め 以 降 中 立 説 は 、 帰 無 仮 説 検 定 の い わ ゆ る ﹁ 帰 無 モ デ ル ﹂ と し て 広 く 用 い ら れ る よ う に な っ て い る 。 研 究 者 は 多 く の 場 合 す で に 2 種 の 分 岐 あ る い は 系 統 分 岐 の あ と の 年 月 の 推 定 値 を も っ て い て 、 こ の 検 定 に 応 用 す る こ と が よ く 行 わ れ る 。 ︵ T a j i m a ' s D 、 e n : H K A t e s t 等 ︶
例 え ば 化 石 採 掘 現 場 の 放 射 性 炭 素 か ら の 年 代 測 定 あ る い は ヒ ト 科 の 場 合 は 歴 史 記 録 か ら の 推 定 な ど 。 2 種 の 塩 基 配 列 間 の 変 異 数 の 実 測 値 と 、 独 立 し て 推 定 さ れ る 分 岐 後 の 時 間 内 に 中 立 説 が 予 想 す る 変 異 数 を 比 較 し 検 定 を 行 う 。 も し 実 測 値 が 予 想 値 よ り か な り 小 さ い も の で あ れ ば 、 帰 無 仮 説 は 棄 却 さ れ る 。 こ の 場 合 研 究 者 は 、 問 題 の 塩 基 配 列 に 自 然 選 択 が 働 い て い る こ と を 合 理 的 に 推 定 す る こ と が で き る だ ろ う 。 [ 疑 問 点 – ノ ー ト ] こ の よ う な 検 定 は 、 分 子 進 化 が ど れ 位 中 立 か ど う か を 研 究 す る の に も 貢 献 し て い る 。 [ 17 ]
ま た 定 説 と は 言 え な い 論 争 中 の 議 論 で は あ る が 、 生 態 系 に お け る 多 様 性 の 進 化 に つ い て も 中 立 理 論 が 適 用 さ れ る ケ ー ス が あ る ( 中 立 理 論 ( 生 態 学 ) ) 。
^ Kimura M. (1968) Evolutionary rate at the molecular level. Nature 217:624-6.
^ Kimura M. (1969) The rate of molecular evolution considered from the standpoint of population genetics. Proc Natl Acad Sci USA 63(4):1181-8.
^ Kimura M, Ohta T. (1971) Protein Polymorphism as a Phase of Molecular Evolution. Nature 229:467-469.
^ Kimura M, Ota T. (1974) On some principles governing molecular evolution. Proc Natl Acad Sci USA ;71(7):2848-52.
^ Sueoka, N. (1962). “On the genetic basis of variation and heterogeneity of DNA base composition” . PNAS USA 48 : 582--592. doi :10.1073/pnas.48.4.582 . http://www.pnas.org/cgi/reprint/48/4/582 .
^ King, J.L. and Jukes, T.H (1969). “Non-Darwinian Evolution” (PDF ). Science 164 : 788--798. doi :10.1126/science.164.3881.788 . PMID 5767777 . http://www.blackwellpublishing.com/ridley/classictexts/king.pdf .
^ Kimura, M. (1983). The Neutral Theory of Molecular Evolution . Cambridge University Press , Cambridge. ISBN 0-521-23109-4
^ Gillespie, J. H (1991). The Causes of Molecular Evolution . Oxford University Press , New York. ISBN 0-19-506883-1
^ Kimu.
ra, M. (1986). “DNA and the Neutral Theory”. Philosophical Transactions of the Royal Society of London . Series B, Biological Sciences 312 (1154): 343--354. doi :10.1098/rstb.1986.0012 .
^ Lewontin, R (1974). The Genetic Basis of Evolutionary Change . Columbia University Press . ISBN 0-231-03392-3
^ Provine W.B. Rise of the null selection hypothesis. In Cain A.J. and Provine W.B. 1991. Genes and ecology in history. In Berry R.J. et al (eds) Genes in ecology: the 33rd Symposium of the British Ecological Society . Blackwell, Oxford, p15-23.
^ Ohta, T (1973). “Slightly deleterious mutant substitutions in evolution”. Nature 246 : 96--98. doi :10.1038/246096a0 .
^ Ohta, T (1992). “The nearly neutral theory of molecular evolution”. Annual Review of Ecology and Systematics 23 : 263--286. doi :10.1146/annurev.es.23.110192.001403 .
^ Ohta, T. (2002). “Near-neutrality in evolution of genes and gene regulation”. Proceedings of the National Academy of Sciences 99 : 16134--16137. doi :10.1073/pnas.252626899 . PMID 12461171 . Inaugural Article, [1]
^ Ohta, T. and Gillespie, J.H (1996). “Development of Neutral and Nearly Neutral Theories”. Theoretical Population Biology 49 : 128--142. doi :10.1006/tpbi.1996.0007 .
^ Graur, D. and Li, W-H (2000). Fundamentals of Molecular Evolution, 2nd edition . Sinauer Associates. ISBN 0-87893-266-6
^ Leigh E.G. (Jr) (2007). “Neutral theory: a historical perspective.”. Evolutionary Biology 20 : 2075--2091. doi :10.1111/j.1420-9101.2007.01410.x .