【第壱話「使徒、襲来」】 10年ぶりに使徒が襲来。シンジが上京し、初号機に乗せられ、出撃。 【第弐話「見知らぬ、天井」】 シンジ、ミサト家に居候が決定。回想で初号機暴走と使徒殲滅の様子が明らかになる。 【第参話「鳴らない、電話」】 シンジ、中学校へ。トウジに殴られるが、使徒戦を目の当たりにしたトウジが謝る。 【第四話「雨、逃げ出した後」】 精神的苦痛から家出したシンジ。すんでの所で思いとどまり、復帰。 【第伍話「レイ、心のむこうに」】 シンジがレイを押し倒す。ゲンドウの悪口を言ってビンタされる。恐怖のラミエル襲来。 【第六話「決戦、第3新東京市」】 強敵ラミエルの攻撃で戦意喪失のシンジ。猶予屈折の末、使徒殲滅。レイとも仲直り。 【第七話「人の造りしもの」】 暴走するエヴァでは不安だとして開発されたJ.A.が制御不能。原子炉融解の恐れがあったが、初号機とミサトのおかげで危機は脱する。実はネル