ゲノミクス
 |
 |
 | この記事は英語版の対応するページを翻訳することにより充実させることができます。（2024年6月） 翻訳前に重要な指示を読むには右にある[表示]をクリックしてください。
●英語版記事を日本語へ機械翻訳したバージョン︵Google翻訳︶。
●万が一翻訳の手がかりとして機械翻訳を用いた場合、翻訳者は必ず翻訳元原文を参照して機械翻訳の誤りを訂正し、正確な翻訳にしなければなりません。これが成されていない場合、記事は削除の方針G-3に基づき、削除される可能性があります。
●信頼性が低いまたは低品質な文章を翻訳しないでください。もし可能ならば、文章を他言語版記事に示された文献で正しいかどうかを確認してください。
●履歴継承を行うため、要約欄に翻訳元となった記事のページ名・版について記述する必要があります。記述方法については、Wikipedia:翻訳のガイドライン#要約欄への記入を参照ください。
●翻訳後、 {{翻訳告知|en|Genomics|…}}をノートに追加することもできます。
●Wikipedia:翻訳のガイドラインに、より詳細な翻訳の手順・指針についての説明があります。
|
| 遺伝学 |
|---|
 |
ゲノミクス︵英: genomics、ジェノミクス︶とは、ゲノムと遺伝子について研究する生命科学の一分野。ゲノム学︵ゲノムがく︶、ゲノム科学︵ゲノムかがく︶とも。
ゲノミクスは1980年代に現れ、1990年代のゲノムプロジェクトの開始とともに発展した。初めて完全長のゲノムが解読されたのはバクテリオファージFX174 (5,368 kb) で1980年のことである。自由生活生物としてはインフルエンザ菌で1995年。以来、猛烈な速さでゲノム解読が進行している。ヒトゲノムのおおまかな配列はヒトゲノムプロジェクトによって2001年前半に解読されている。
ポストゲノムプロジェクトのゲノミクスとして、さまざまな生物種のゲノムを比較することで、進化の解明を試みる比較ゲノミクスや、RNAiなどによる遺伝子阻害から、全体論的な機構解明を行う機能ゲノミクスなどがある。ゲノミクスではバイオインフォマティクスや遺伝学、分子生物学をツールとして用いるとともに、システム生物学のツールとしても用いられる。またゲノミクスは医療の分野に新たな治療法を提供してきている︵ファーマコゲノミクス︶。食品︵ニュートリゲノミクス︶や農業の分野へも応用される。
ゲノム解析[編集]
詳細は「ゲノムプロジェクト」を参照
ある生物が対象に選ばれた後、次の三つの段階を経る。‥シーケンシング、アセンブリ、アノテーション。[1]
シーケンシング[編集]
詳細は「DNAシークエンシング」を参照
歴史的に見ると、初め、シーケンシングはシーケンシングセンターという中央集中型の施設︵一年に数十テラ塩基の配列決定をおこなうJoint Genome Instituteのような巨大独立行政法人に囲まれた施設︶で行われていた。そこには高価な実験器具や技術サポートを必要とする研究室が集まっていた。しかし、塩基配列決定技術が進歩し、十分に高速なベンチトップ型のシーケンサーができると、平均的なアカデミックラボでもシーケンサーを使えるようになってきた。[2][3]
全体的に見て、ゲノムシーケンシングの手法は二つに区分される。ショットガンシーケンシングとハイスループットシーケンシング︵いわゆる、次世代シーケンシング︶である。
[1]
アセンブリ[編集]
詳細は「配列アセンブリング」を参照
Overlapping reads form contigs; contigs and gaps of known length form scaffolds.
next generation sequencing data のPaired end reads を reference genome にマップしている。
複数の断片化された sequence reads は、どの領域が重複しているかという情報を基にアセンブリされる。
配列アセンブリは大量のDNA配列断片をアライメントし、繋ぎ合わせ、オリジナルの配列を再構築することである。[1]
[4]
アノテーション[編集]
アセンブリされたDNA配列は、さらに追加の解析がなされないとほとんどの場合価値はない。[1] ゲノムアノテーションはDNA配列に生物学的情報を付加し、意味付けするプロセスである。 このプロセスは三つのステップからなる。[5]- ゲノムの非コード領域部分を同定する。
- タンパク質をコードする遺伝子など、何らかの機能を持つと推測される領域を同定する。（gene prediction）
- これらの要素に生物学的情報を付加する。
出典[編集]
- ^ a b c d Pevsner, Jonathan (2009). Bioinformatics and functional genomics (2nd ed.). Hoboken, N.J: Wiley-Blackwell. ISBN 9780470085851
- ^ Monya Baker (2012年9月14日). “Benchtop sequencers ship off” (Blog). Nature News Blog. 2012年12月22日閲覧。
- ^ Quail, M.; Smith, M. E.; Coupland, P.; Otto, T. D.; Harris, S. R.; Connor, T. R.; Bertoni, A.; Swerdlow, H. P. et al. (2012). “A tale of three next generation sequencing platforms: Comparison of Ion torrent, pacific biosciences and illumina MiSeq sequencers”. BMC Genomics 13: 341. doi:10.1186/1471-2164-13-341. PMC 3431227. PMID 22827831.
- ^ 北上 始, 太田 聡史, 斎藤 成也：「ビッグデータ時代のゲノミクス情報処理」、コロナ社、ISBN 978-4339024852（2014年10月）
- ^ Stein, L. (2001). “Genome Annotation: From Sequence to Biology”. Nature Reviews Genetics 2 (7): 493–503. doi:10.1038/35080529. PMID 11433356.
関連項目[編集]
外部リンク[編集]
- DDBJ:DNA Data Bank of Japan
- バイオサイエンスデータベースセンター（NBDC；National Bioscience Database Center）
- 統合TV
- Genomics.org: An openfree genomics portal.
- Global map of genomics laboratories
- エコゲノミクスは進化生態学をどう変えるか？
 | この項目は、生物学に関連した書きかけの項目です。この項目を加筆・訂正などしてくださる協力者を求めています（プロジェクト:生命科学／Portal:生物学）。 |
| 主要項目 |
|
|---|---|
| 分野 |
|
| 考古遺伝学 |
|
| 関連項目 |
|
| リスト |
|
| 対象生物学 |
|
|
|---|---|---|
| 生理・生化学 |
| |
| 細胞・組織学 |
| |
| ゲノム・遺伝学 |
| |
| 進化生物学 |
| |
| 生態学 |
| |
| 応用・学際領域 |
| |
