ドメイン (分類学)

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生物学的分類の8つの主要な分類階級階層生物ドメインに分けられ、ドメインはさらに細分化される。

: domain: regio[1]dominiondominium[2]superkingdomsuperregnumrealmempireimperium19903[1]

3ArchaeaBacteriaEukarya3[1]22[3][4]


[]


199031974[2]

[]

() 3() 2[5] (2008)

18[6]

197716sRNA23ArchaeaBacteriaarchaebacteriaRNA23[1]

1980A23201722[7][8][3]

3ドメイン系[編集]

細菌古細菌真核生物アクウィフェクス門テルモトガ門バクテロイデス門プランクトミケス門シアノバクテリア門シュードモナス門スピロヘータ門グラム陽性クロロフレクサス門テルモプロテウス目テルモコックス・セラー (英語版)メタノコックス属 (英語版)メタノバクテリウム属メタノサルキナ属ハロバクテリウム綱エントアメーバ属 (英語版)粘菌類動物類菌類植物類繊毛虫類鞭毛虫類トリコモナス類微胞子虫類ディプロモナス類
RNA使3 (1990)[1]1ArchaeaBacteria

3ArchaeaBacteriaEukarya33RNA3RNA[1]

[]


[1]

0.1 μm15 μm200 μm[1]

細菌[編集]


2RNA23

[1]

真核生物[編集]


domain EukaryaPlantaeProtozoaAnimaliaChromistaFungi5kingdom[1]



2ドメイン系[編集]

ゲノム配列に基づく2ドメイン系の生命樹の例。生命の2つのドメインは、細菌 (上側) と古細菌 (下側) である。真核生物は古細菌から分岐する (右下)。

22[7][8][3]1980[9]32017[10]2[11]

3[12][13][14]3[3]

最上位の分類体系の比較[編集]




2 (1998)

199822[15][16]

 (1984)

1984A[17]2[18][17][19]

5 (2012)

32012Stefan Luketa3 Prionobiota Virusobiota5[20] 

2

AcytotaAphanobionta [21]2
無細胞生物を含めた生物学的分類
分類学的ルートノード 2スーパードメイン
(議論あり)
2帝系英語版 3ドメイン系英語版 5ドミニオン[22]
5 6界 エオサイト説
2ドメイン系英語版
生物群 / 生命

Biota / Vitae / Life
非細胞生物
非細胞生命英語版

Acytota / Aphanobionta
Virusobiota (ウイルス, ウイロイド)

Virusobiota (Viruses, Viroids)
Prionobiota (プリオン)

Prionobiota (Prions)
細胞生物

Cytota
原核生物
(モネラ)

Prokaryota / Procarya
(Monera)
細菌

Bacteri
細菌

Bacteria
モネラ

Monera
真正細菌

Eubacteria
細菌

Bacteria
古細菌

Archae
古細菌

Archaea
古細菌

Archaebacteria
古細菌 (真核生物を含む)

Archaea incl. eukaryotes
真核生物

Eukaryota/Eukarya
原核生物界 Protista
菌界 Fungi
植物界 Plantae
動物界 Animalia

関連項目[編集]

  • 生物学的暗黒物質英語版 - 未分類またはよく理解されていない遺伝物質を指す非公式の用語
  • ネオムラ - 古細菌と真核生物の2つの生命ドメインから構成されるクレードの提案
  • 系統学 - 生物のグループ間またはグループ内の歴史と関係を研究する学問
  • タンパク質構造 - アミノ酸鎖分子内の原子の三次元配置
  • レルム (ウイルス学)英語版 - ウイルス分類学における最高位の分類階級
  • 体系学 - 生物の多様化や生物間の時間的関係を研究する学問

脚注[編集]



(一)^ abcdefghijWoese C, Kandler O, Wheelis M (1990). Towards a natural system of organisms: Proposal for the domains Archaea, Bacteria, and Eucarya. Proc Natl Acad Sci USA 87 (12): 45764579. Bibcode: 1990PNAS...87.4576W. doi:10.1073/pnas.87.12.4576. PMC 54159. PMID 2112744. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC54159/. 

(二)^ abMoore R.T. (1974). Proposal for the recognition of super ranks. Taxon 23 (4): 650652. doi:10.2307/1218807. JSTOR 1218807. http://www.iapt-taxon.org/historic/Congress/IBC_1975/Prop034bis-037.pdf. 

(三)^ abcdNobs, Stephanie-Jane; MacLeod, Fraser I.; Wong, Hon Lun; Burns, Brendan P. (2022). Eukarya the chimera: Eukaryotes, a secondary innovation of the two domains of life?. Trends in Microbiology 30 (5): 421431. doi:10.1016/j.tim.2021.11.003. PMID 34863611. https://linkinghub.elsevier.com/retrieve/pii/S0966842X21002699. 

(四)^ Doolittle, W. Ford (2020). Evolution: Two domains of life or three?. Current Biology 30 (4): R177R179. doi:10.1016/j.cub.2020.01.010. PMID 32097647. 

(五)^ Cox, C.J.; Foster, P.G.; Hirt, R.P.; Harris, S.R.; Embley, T.M. (2008). The archaebacterial origin of eukaryotes. Proc Natl Acad Sci USA 105 (51): 2035661. Bibcode: 2008PNAS..10520356C. doi:10.1073/pnas.0810647105. PMC 2629343. PMID 19073919. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2629343/. 

(六)^ Domains of Life, Genomics | Learn Science at Scitable (). www.nature.com. 2022121

(七)^ abBolshoy, Alexander; Volkovich, Zeev (Vladimir); Kirzhner, Valery; Barzily, Zeev (2010), Biological Classification, Genome Clustering, Studies in Computational Intelligence (Berlin, Heidelberg: Springer Berlin Heidelberg) 286: pp. 1722, doi:10.1007/978-3-642-12952-0_2, ISBN 978-3-642-12951-3, http://link.springer.com/10.1007/978-3-642-12952-0_2 2022514 

(八)^ abRaymann, Kasie; Brochier-Armanet, Céline; Gribaldo, Simonetta (2015). The two-domain tree of life is linked to a new root for the Archaea. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 112 (21): 66706675. Bibcode: 2015PNAS..112.6670R. doi:10.1073/pnas.1420858112. PMC 4450401. PMID 25964353. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4450401/. 

(九)^ Lake, James A. (1988). Origin of the eukaryotic nucleus determined by rate-invariant analysis of rRNA sequences. Nature 331 (6152): 184186. Bibcode: 1988Natur.331..184L. doi:10.1038/331184a0. PMID 3340165. 

(十)^ Zaremba-Niedzwiedzka, Katarzyna; Caceres, Eva F.; Saw, Jimmy H.; Bäckström, Disa; Juzokaite, Lina; Vancaester, Emmelien; Seitz, Kiley W.; Anantharaman, Karthik et al. (2017). Asgard archaea illuminate the origin of eukaryotic cellular complexity (). Nature 541 (7637): 353358. Bibcode: 2017Natur.541..353Z. doi:10.1038/nature21031. OSTI 1580084. PMID 28077874. https://escholarship.org/content/qt0qh5400s/qt0qh5400s.pdf?t=pgp8bj. 

(11)^ Eme, Laura; Spang, Anja; Lombard, Jonathan; Stairs, Courtney W.; Ettema, Thijs J. G. (10 November 2017). Archaea and the origin of eukaryotes (). Nature Reviews Microbiology 15 (12): 711723. doi:10.1038/nrmicro.2017.133. ISSN 1740-1534. PMID 29123225. https://zenodo.org/record/3451113. 

(12)^ Da Cunha, Violette; Gaia, Morgan; Nasir, Arshan; Forterre, Patrick (2018). Asgard archaea do not close the debate about the universal tree of life topology (). PLOS Genetics 14 (3): e1007215. doi:10.1371/journal.pgen.1007215. PMC 5875737. PMID 29596428. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5875737/. 

(13)^ Zhou, Zhichao; Liu, Yang; Li, Meng; Gu, Ji-Dong (2018). Two or three domains: a new view of tree of life in the genomics era. Applied Microbiology and Biotechnology 102 (7): 30493058. doi:10.1007/s00253-018-8831-x. PMID 29484479. https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/29484479. 

(14)^ Williams, Tom A.; Cox, Cymon J.; Foster, Peter G.; Szöllősi, Gergely J.; Embley, T. Martin (2020). Phylogenomics provides robust support for a two-domains tree of life (). Nature Ecology & Evolution 4 (1): 138147. doi:10.1038/s41559-019-1040-x. PMC 6942926. PMID 31819234. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6942926/. 

(15)^ Mayr, E. (1998). Two empires or three?. PNAS 95 (17): 97209723. Bibcode: 1998PNAS...95.9720M. doi:10.1073/pnas.95.17.9720. PMC 33883. PMID 9707542. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC33883/. 

(16)^ Cavalier-Smith, T. (2004). Only six kingdoms of life. Proc. R. Soc. Lond. B 271 (1545): 12511262. doi:10.1098/rspb.2004.2705. PMC 1691724. PMID 15306349. http://www.cladocera.de/protozoa/cavalier-smith_2004_prs.pdf 2010429. 

(17)^ abLake, J.A.; Henderson, Eric; Oakes, Melanie; Clark, Michael W. (June 1984). Eocytes: A new ribosome structure indicates a kingdom with a close relationship to eukaryotes. PNAS 81 (12): 37863790. Bibcode: 1984PNAS...81.3786L. doi:10.1073/pnas.81.12.3786. PMC 345305. PMID 6587394. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC345305/. 

(18)^ Archibald, John M. (23 December 2008). The eocyte hypothesis and the origin of eukaryotic cells. PNAS 105 (51): 2004920050. Bibcode: 2008PNAS..10520049A. doi:10.1073/pnas.0811118106. PMC 2629348. PMID 19091952. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2629348/. 

(19)^ Williams, Tom A.; Foster, Peter G.; Cox, Cymon J.; Embley, T. Martin (December 2013). An archaeal origin of eukaryotes supports only two primary domains of life. Nature 504 (7479): 231236. Bibcode: 2013Natur.504..231W. doi:10.1038/nature12779. PMID 24336283. https://eprint.ncl.ac.uk/fulltext.aspx?url=199146/704E71B4-8D68-4F3C-93BA-E73C50449593.pdf&pub_id=199146. 

(20)^ Luketa S. (2012). New views on the megaclassification of life. Protistology 7 (4): 218237. 2 April 2015. https://web.archive.org/web/20150402150257/http://protistology.ifmo.ru/num7_4/luketa_protistology_7-4.pdf 2016104. 

(21)^ Trifonov EN, Kejnovsky E (2016). Acytota - associated kingdom of neglected life.. J Biomol Struct Dyn 34 (8): 16418. doi:10.1080/07391102.2015.1086959. PMID 26305806. https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/26305806/. 

(22)^ Luketa, Stefan (2012). New views on the megaclassification of life. Protistology 7 (4): 218237. http://www.zin.ru/journals/protistology/num7_4/luketa_protistology_7-4.pdf. 

外部リンク[編集]