コンテンツにスキップ

ハプログループD (Y染色体)

出典: フリー百科事典『ウィキペディア(Wikipedia)』
Y染色体 D 系統
系統祖 D-CTS3946
発生時期 64,700-83,000年前[1]
発生地(推定) アフリカ[1]アジア[2]
親階層 DE-M203
分岐指標 CTS3946, CTS7583, CTS9692, CTS11804, CTS3893/PF1662, CTS4031/V2898, CTS8111, F974, PF1122, Y472082, Y464195, Y464386, Y461544, CTS10598/PF1440, Y464336, Y464200, Z1605/CTS4030/V2897[3]
子階層 M174, Y330435
高頻度民族・地域 チベットチベット民族)、日本列島大和民族琉球民族アイヌ)、フィリピン(マクタン島)、イェメンアンダマン諸島オンゲ族ジャラワ族)、インド北東部(アルナーチャル人
ハプログループDの移動想定経路 (Haber et al. 2019)

D (Y)D (Y): Haplogroup D (Y-DNA)YYAPCTS3946

[]


D西

D1a1-Z27276D1a2aM55D1a2b-Y34537[4] 

D53000[5]

DOEC,I,J,N,R7

D[6]OD

DEE

DEDEDE*[7]

[]


2019 (Haber et al. 2019)[1] DEDEDE*3[8] EDESNPD7D2D

DM174D1D2D-A5580.2D1M174DCT3946D2西[9]

D2DCT3946[1]

D7.3[1] DED1[10]D2DED[11] 

DE*[6] 西[12] 

[]

[]


D1a1a-M1515.2%D1a1bP4731.4%D1a1-Z2727647%[13]D-M174*0-65%[14][15][16][17]

[]


200472D-M152.13%D(xM15)70.21%[18]D[19]

2001543(5.6%)D-M174(xM15)2(3.7%)D-M1559.3%D-M174[20]

2006D-M15Y  7/43 = 16.3% D-M15 5/58 = 8.6% D-M15 1/49 = 2.0% D-M15西 1/60 = 1.7% D-M15 1/84 = 1.2% D-M156734.5%D-P47Y[13]

2006DE-YAP(xE-SRY4064)Y6/33 = 18.2%4/35 = 11.4%2/30 = 6.7%1/32 = 3.1% 1/35 = 2.9%西1/35 = 2.9%1/39 = 2.6%1/41 = 2.4%[21]

2010西10YO1b1a1a*O-M954DYAP3CC-M1302O2*(O-M122)1[22]西211281491DE-YAPY-DNA

20111291676536171.9%Y-DNAD-M174[23]

[]


D1a2b-Y34537[4] (23/23)(4/4)100%0%(0/10)[24]

 31-75% [25][26]

[]


D1a1,D1a2D1b[27]

日本[編集]


D1a2aDM64.1/Page44.1, M55, M57, M179/Page31, M359.1/P41.1, P37.1, P190, 12f2.28SNP4

[]


D1a2a161487.5%D1a2aD1a2a*81.25%D1a2a1a(6.25%)[28]

[]


西32%[29]- 39%[30] D1a2aD1a2a*D1a2a2a

西D1a1a-M15( 1/23 D-M15[31] 1/7 D-M15[30] 1/241 D-M15[29] 1/321 D-M15[29] 1/302 D-M15)[29]

[]


8038(47.5%)YAPIIa(7/19 = 36.8%),  (10/32 = 31.3%),  (8/29 = 27.6%)1999西YAP1/20 (5.0%)(0/7 = 0%)[32]

20064525(55.6%)D-M55D-M55(xM116) 2/45 = 4.4%, D-M116(xM125) 14/45 = 31.1%, D-M125(xP42) 7/45 = 15.6%, D-P42 2/45 = 4.4%: D-M55(xM116) 10/259 = 3.9%, D-M116(xM125) 43/259 = 16.6%, D-M125(xP42) 31/259 = 12.0%, D-P42 6/259 = 2.3%[13]

2016491632.7%DE[33]381334.2%361336.1%DE[33]

[]


D-P471206 (5.0%)[34] 71(14%)465(10.9%)966(6.3%)D-M174(xM15)[35] D-P47D-M15

西[]


西DD2[1][9]

[]


DDD1a1D1a2aCD

[]

D1a1-Z27276[]


 49%51/105[13]

 16%7/43[13]

 9%5/58[13]

D1a2a-M55[]


 35%181/516[6] - 39%102/263[30]
 32%767/2390[29]

 56%25/45[13]

 75%3/4[13]- 88%14/16 [36]

D1-M174*[]


D1-M174(xM15

 1.9%7/361[23]

D1-M174(xM15,P47,M64.1

 5%5/98[13]

[]


2019619ISOGGver.14.106[37]
ヒトY染色体ハプログループ系統樹
Y染色体アダム (Y-MRCA)
A0 A1
A1a A1b
A1b1 BT
B CT
DE CF
D E C F
G H IJK
IJ K
I J K1 K2
L T MS NO P K2*
N O Q R

脚注[編集]



(一)^ abcdefHaber M, Jones AL, Connell BA, Arciero E, Yang H, Thomas MG, Xue Y, Tyler-Smith C (August 2019). A Rare Deep-Rooting D0 African Y-Chromosomal Haplogroup and Its Implications for the Expansion of Modern Humans Out of Africa. Genetics 212 (4): 14211428. doi:10.1534/genetics.119.302368. PMC 6707464. PMID 31196864. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6707464/. 

(二)^ Cabrera, Vicente M.; Rodriguez, Julia Patricia Marrero; Abu-Amero, Khaled K.; Larruga, Jose M. (2017-12-13). Carriers of mitochondrial DNA macrohaplogroup L3 basic lineages migrated back to Africa from Asia around 70,000 years ago. (). bioRxiv: 233502. doi:10.1101/233502. https://www.biorxiv.org/content/early/2017/12/13/233502. 

(三)^ Y Full(ver.12.01.00)

(四)^ abD-M174*xD-M15,D-M55kumarasamy et al. 2003D-M174*D-Y34537Y-Full

(五)^ Mondal, M., Bergström, A., Xue, Y. et al. Y-chromosomal sequences of diverse Indian populations and the ancestry of the Andamanese. Hum Genet 136, 499510 (2017). https://doi.org/10.1007/s00439-017-1800-0

(六)^ abcShi, Hong; Zhong, Hua; Peng, Yi; Dong, Yong-li; Qi, Xue-bin; Zhang, Feng; Liu, Lu-Fang; Tan, Si-jie et al. (October 29, 2008). Y chromosome evidence of earliest modern human settlement in East Asia and multiple origins of Tibetan and Japanese populations. BMC Biology (BioMed Central) 6: 45. doi:10.1186/1741-7007-6-45. PMC 2605740. PMID 18959782. http://www.biomedcentral.com/1741-7007/6/45 201884.  オープンアクセス
(七)^ Weale ME, Shah T, Jones AL et al. (September 2003). "Rare deep-rooting Y chromosome lineages in humans: Lessons for Phylogeography". Genetics 165 (1): 22934. PMC 1462739. PMID 14504230.

(八)^ Weale ME, Shah T, Jones AL et al. (September 2003). "Rare deep-rooting Y chromosome lineages in humans: Lessons for Phylogeography". Genetics 165 (1): 22934. PMC 1462739. PMID 14504230.

(九)^ abEstes, Roberta (2019621). Exciting New Y DNA Haplogroup D Discoveries! (). DNAeXplained - Genetic Genealogy. 201978

(十)^ DNA 2009

(11)^ Cabrera, Vicente M.; Rodriguez, Julia Patricia Marrero; Abu-Amero, Khaled K.; Larruga, Jose M. (2017-12-13). Carriers of mitochondrial DNA macrohaplogroup L3 basic lineages migrated back to Africa from Asia around 70,000 years ago. (). bioRxiv: 233502. doi:10.1101/233502. https://www.biorxiv.org/content/early/2017/12/13/233502. 

(12)^ Veeramah RK, Connell AB, Pour AN, Powell A, Plaster AC, Zeitlyn D, Mendell RN, Weale EM, Bradman N, Thomas GM (2010). Little genetic differentiation as assessed by uniparental markers in the presence of substantial language variation in peoples of the Cross River region of Nigeria. BMC Evolutionary Biology 10: 117. doi:10.1186/1471-2148-10-92. PMC 2867817. PMID 20356404. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2867817/. 

(13)^ abcdefghiHammer MF, Karafet TM, Park H et al. (2006). "Dual origins of the Japanese: common ground for hunter-gatherer and farmer Y chromosomes". J. Hum. Genet. 51 (1): 4758. doi:10.1007/s10038-005-0322-0. PMID 16328082.

(14)^ Su, Bing; Xiao, Chunjie; Deka, Ranjan; Seielstad, Mark T.; Kangwanpong, Daoroong; Xiao, Junhua; Lu, Daru; Underhill, Peter et al. (2000). Y chromosome haplotypes reveal prehistorical migrations to the Himalayas. Human Genetics 107 (6): 58290. doi:10.1007/s004390000406. PMID 11153912. 

(15)^ Cordaux, R.; Weiss, G; Saha, N; Stoneking, M (2004). The Northeast Indian Passageway: A Barrier or Corridor for Human Migrations?. Molecular Biology and Evolution 21 (8): 152533. doi:10.1093/molbev/msh151. PMID 15128876. 

(16)^ Chandrasekar, A.; Saheb, S. Y.; Gangopadyaya, P.; Gangopadyaya, S.; Mukherjee, A.; Basu, D.; Lakshmi, G. R.; Sahani, A. K. et al. (2007). YAP insertion signature in South Asia. Annals of Human Biology 34 (5): 5826. doi:10.1080/03014460701556262. PMID 17786594. 

(17)^ Reddy BM, Langstieh BT, Kumar V, Nagaraja T, Reddy ANS et al. (2007). Awadalla, Philip. ed. Austro-Asiatic Tribes of Northeast India Provide Hitherto Missing Genetic Link between South and Southeast Asia. PLoS ONE 2 (11): e1141. doi:10.1371/journal.pone.0001141. PMC 2065843. PMID 17989774. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2065843/. 

(18)^ D-M15

(19)^ Wen B, Xie X, Gao S, et al. Analyses of genetic structure of Tibeto-Burman populations reveals sex-biased admixture in southern Tibeto-Burmans. Am J Hum Genet. 2004;74(5):856-865. doi:10.1086/386292

(20)^ Tatiana Karafet, Liping Xu, Ruofu Du, William Wang, Shi Feng, R. S. Wells, Alan J. Redd, Stephen L. Zegura, and Michael F. Hammer, "Paternal Population History of East Asia: Sources, Patterns, and Microevolutionary Processes." American Journal of Human Genetics 69: 615628, 2001.

(21)^ Yali Xue, Tatiana Zerjal, Weidong Bao, Suling Zhu, Qunfang Shu, Jiujin Xu, Ruofu Du, Songbin Fu, Pu Li, Matthew E. Hurles, Huanming Yang, and Chris Tyler-Smith,Male Demography in East Asia: A NorthSouth Contrast in Human Population Expansion Times.Genetics 172: 24312439 (April 2006).

(22)^ Genetic origin of Kadai-speaking Gelong people on Hainan island viewed from Y chromosomes

(23)^ abShi Yan, Chuan-Chao Wang, Hui Li, Shi-Lin Li, Li Jin, and The Genographic Consortium, "An updated tree of Y-chromosome Haplogroup O and revised phylogenetic positions of mutations P164 and PK4." European Journal of Human Genetics (2011) 19, 10131015.

(24)^ Kumarasamy Thangaraj, Lalji Singh, Alla G. Reddy, V.Raghavendra Rao, Subhash C. Sehgal, Peter A. Underhill, Melanie Pierson, Ian G. Frame, Erika Hagelberg(2003)Genetic Affinities of the Andaman Islanders, a Vanishing Human Population Current Biology Volume 13, Issue 2, 21 January 2003, Pages 8693 doi:10.1016/S0960-9822(02)01336-2

(25)^ East Asian ancestry in India. 20151

(26)^ Carlhoff, Selina; Duli, Akin; Nägele, Kathrin; Nur, Muhammad; Skov, Laurits; Sumantri, Iwan; Oktaviana, Adhi Agus; Hakim, Budianto et al. (2021). Genome of a middle Holocene hunter-gatherer from Wallacea. Nature 596 (7873): 543547. doi:10.1038/s41586-021-03823-6. ISSN 0028-0836. PMC 8387238. PMID 34433944. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC8387238/. 

(27)^ D Haplogroup (Y-DNA) Project.  FAMILY TREE DNA (201361). 20131019

(28)^ 2004"Genetic Origins of the Ainu inferred from combined DNA analyses of maternal and paternal lineages"

(29)^ abcdeYOUICHI SATO, TOSHIKATSU SHINKA, ASHRAF A. EWIS, AIKO YAMAUCHI, TERUAKI IWAMOTO, YUTAKA NAKAHORI Overview of genetic variation in the Y chromosome of modern Japanese males., doi:10.1537/ase.140709

(30)^ abcNonaka, I.; Minaguchi, K.; Takezaki, N. (February 2, 2007). Y-chromosomal Binary Haplogroups in the Japanese Population and their Relationship to 16 Y-STR Polymorphisms. Annals of Human Genetics (John Wiley & Sons) 71 (Pt 4): 48095. doi:10.1111/j.1469-1809.2006.00343.x. PMID 17274803. 

(31)^ Peter A. Underhill, Peidong Shen, Alice A. Lin, et al., "Y chromosome sequence variation and the history of human populations." Nature Genetics, Volume 26, November 2000.

(32)^ Toshikatsu Shinka, Keiko Tomita, Tatsushi Toda, Svetlana E. Kotliarova, Juwon Lee, Yoko Kuroki, Dong Kyu Jin, Katsushi Tokunaga, Hideki Nakamura, and Yutaka Nakahori, "Genetic variations on the Y chromosome in the Japanese population and implications for modern human Y chromosome lineage." Journal of Human Genetics (1999) 44: 240-245.

(33)^ abShoji Totsuka, The Super Science High School Consortium, Youichi Sato, and Masashi Tanaka, "A study of the geographic distribution of Y chromosomal and mitochondrial DNA haplogroups in Japanese population by Super Science High School Consortium (SSH)." Anthropological Science (Japanese Series) Vol. 124(2), 8591, 2016.

(34)^ Matthew C. Dulik, Sergey I. Zhadanov, Ludmila P. Osipova, et al. (2012), "Mitochondrial DNA and Y Chromosome Variation Provides Evidence for a Recent Common Ancestry between Native Americans and Indigenous Altaians." The American Journal of Human Genetics 90, 229246, February 10, 2012. doi:10.1016/j.ajhg.2011.12.014.

(35)^ Kharkov, V. N.; Stepanov, V. A.; Medvedeva, O. F.; Spiridonova, M. G.; Voevoda, M. I.; Tadinova, V. N.; Puzyrev, V. P. (2007). Gene pool differences between Northern and Southern Altaians inferred from the data on Y-chromosomal haplogroups. Russian Journal of Genetics 43 (5): 551562. doi:10.1134/S1022795407050110. 

(36)^ Tajima,A. et al. (2004). "Genetic origins of the Ainu inferred from combined DNA analyses of maternal and paternal lineages". Journal of Human Genetics 49 (4): 187193.

(37)^ Y-DNA Haplogroup D and its Subclades - 2019

(38)^ Y-DNA Haplogroup D and its Subclades - 2014

参考文献[編集]

関連項目[編集]